Optimisation de l’identification et du dénombrement du microphytoplancton avec le système couplé de numérisation et d’analyse d’images FlowCAM – Zoo/PhytoImage (système innovant). Action 9 – Livrable 3. Evolution du matériel de numérisation : prototype FastCAM et perspectives. Rapport final, février 2016
| Autre(s) titre(s) | Progression of the digitalization system: the FastCAM prototype and its outlook. | ||||||||
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| Type | Rapport de contrat | ||||||||
| Date | 2016 | ||||||||
| Langue(s) | Français | ||||||||
| Auteur(s) | Colas Florent 1, Tardivel Morgan1, Evrard Justine1, Forest Bertrand1, Crassous Marie-Pierre1, Lunven Michel1, Danielou Marie-Madeleine1 |
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| Editeur | Ifremer | ||||||||
| Mot-Clé(s) | FlowCAM, FastCAM, imagerie rapide, phytoplancton, REPHY. | ||||||||
| Résumé | Ce livrable contient l’ensemble des travaux de développement du FastCAM, nouvel outil de numérisation rapide du phytoplancton, ayant eu lieu en 2015. Il est constitué de deux documents : Un rapport de présentation du FastCAM et de sa comparaison avec le FlowCAM. Le FlowCAM permet la numérisation d’un échantillon de phytoplancton avec des grandissements X10 et X4. Le premier permet une meilleure description morphologique et donc une meilleure résolution taxonomique mais avec un temps d'acquisition environ 16X plus long. Ainsi, pour des analyses en routine, seule une numérisation au X4 est possible. Un gain considérable serait de pouvoir réaliser une acquisition au grandissement 10X avec un temps d'analyse plus court, comparable au 4X. Un système d’imagerie rapide en flux a donc été développé en ce sens. Il a été nommé FastCAM. Le système repose sur l’utilisation d’une caméra rapide haute résolution (2 Megapixels) permettant l’acquisition à 340 images/s. Grâce à cela, il permet de numériser 10 mL d’échantillon avec un grandissement X10 en moins de 15 min. La comparaison des images à celles obtenues avec le FlowCAM en un temps équivalent au X4 montre clairement un gain à l’utilisation du FastCAM. Les perspectives maintenant sont la constitution d’un set d’apprentissage pour un couplage avec le logiciel Zoo/Phytoimage. Un diaporama de présentation du système, présenté lors d’une réunion de projet (4 novembre 2015) |
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| Keyword(s) | FlowCAM, FastCAM, fast imaging, phytoplankton, REPHY | ||||||||
| Résumé en anglais | This deliverable contains all development work of the FastCAM, new tool for fast imaging of the phytoplankton, which took place in 2015. It consists of: One report of the FastCAM and its comparison with the FlowCAM presentation: The FlowCAM enables the digitalization of a sample of phytoplankton with X10 and X 4 magnifications. The first allows a better morphological description and therefore a higher taxonomic resolution but with a longer scan time (16 X). Thus, for routine analyses, only scanning at 4 X is possible. A considerable gain would be able to do an acquisition to the magnification 10 X with a time of analysis more short, comparable to 4 X. A fast flow imaging system has therefore developed in this sense. He was called FastCAM. The system is based on the use of a high resolution (2 Megapixels) and high‐speed camera allowing the acquisition to 340 FPS. In this way, it allows to scan 10 mL of sample with a X 10 magnification within 15 min. Comparison of the images with those obtained with the FlowCAM clearly shows a gain to the use of the FastCAM. The outlook now is the establishment of a set of learning for a coupling with Zoo/Phytoimage and the industrial transfer of the system. A slide show presentation of the system showed during a project meeting (on the 4th of November 2015). |
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| Texte intégral |
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