Online collaborative environment to run the eastern bluefin tuna stock assessment workflow

Type Article
Date 2017
Language English
Other localization https://www.iccat.int/Documents/CVSP/CV073_2017/n_7/CV073072528.pdf
Author(s) Imzilen Taha1, Bonhommeau SylvainORCID2, Rouyer Tristan3, Kell Laurence T4, Barde Julien1
Affiliation(s) 1 : IRD, UMR MARBEC 248, Av. Jean Monnet, 34200 Sète, France
2 : IFREMER, - Le Port, La Réunion, France
3 : IFREMER, - UMR MARBEC 248, Av. Jean Monnet, 34200 Sète, France
4 : ICCAT, Secretariat, C/ Corazón de María 8, 28002 Madrid, Spain
Source Collective volume of scientific papers ICCAT (1021-5212) (International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas), 2017 , Vol. 73 , N. 7 , P. 2528-2534
Note SCRS/2016/200
French abstract

Dans cette note, nous décrivons une approche qui permet d'exécuter en ligne le jeu de codes utilisés pour l'évaluation du stock de thon rouge de l'Est (BFT-E) à l'ICCAT. En 2014, le groupe d’espèces sur le thon rouge de l’ICCAT a pu exécuter des milliers de scénarios de modèles en utilisant la parallélisation des codes R et Fortran sur un superordinateur. Cette nouvelle approche présente beaucoup d'avantages scientifiques, mais très peu de participants seraient en mesure de la reproduire sans compétences spécifiques. Depuis novembre 2015, le projet BlueBridge project H2020 finance un ingénieur pour créer un site Web (ou VRE pour « Virtual Research Environment »), où les utilisateurs pourront paramétrer et exécuter diverses étapes du flux de travail d'évaluation du stock de thon rouge de l’Est. En reconditionnant les codes fournis par le groupe d’espèces sur le thon rouge de l’ICCAT, les mêmes codes sont maintenant exécutables en ligne. Ils peuvent être paramétrés, exécutés et édités par n'importe qui à partir d'une simple page Web et les sorties des données sont livrées dans un format de données standard. À ce stade, ce VRE est accompagné de divers services Web collaboratifs : un espace de travail pour partager des documents ou des données, des pages Web ou du serveur RStudio pour traiter des données en ligne et un service de rapport automatisé pour générer dynamiquement des documents qui présentent ces résultats. Un tel environnement collaboratif permet de stocker et d'accéder à l'ensemble des données et des codes sources pour reproduire les résultats passés ou pour essayer de nouveaux paramétrages du modèle avec des outils habituels ou de simples formulaires Web. Une telle approche devrait donner plus de transparence et de collaboration au sein des groupes de travail.

Keyword(s) Bluefin tuna, scientific cloud, stock assessment, grid computing, online processing
Abstract

In this note, we describe an approach which makes possible to execute online the set of codes used for eastern bluefin tuna (BFT-E) stock assess-ment at ICCAT. In 2014, ICCAT BFT-E working group has been able to execute thousands of model runs by using parallelization of R and Fortran codes on a supercomputer. This new approach has a lot of scientific benefits, but very few participants would be able to reproduce it without specific skills. Since november 2015, the H2020 BlueBridge project is funding an engineer to set up a WebSite (or VRE for Virtual Research Environment) where users will be able to parametrize and execute various steps of the BFT-E stock assessment workflow. By repackaging codes provided by ICCAT BFT-E working group the same codes are now executable online. They can be parametrized, executed and edited by anybody from a simple web page and data outputs are delivered in standard data format. At this stage, this VRE comes with various collaborative Web Services: a workspace to share documents or data, Web pages or RStudio server to process data online and an automated report service to dynamically generate documents packaging these results. Such a collaborative environment enables to store and access the whole set of data and source codes to replicate past results or to try new parametrizations of the model with usual tools or simple web forms. Such an approach is expected to give more transparency and collaboration within working groups.

Abstract <p>Se describe un enfoque que hace posible ejecutar online el conjunto de c&oacute;digos utilizados para la evaluaci&oacute;n del stock de at&uacute;n rojo del este (BFTE) de ICCAT. En 2014, el Grupo de especies de at&uacute;n rojo de ICCAT ha podido ejecutar miles de ensayos de modelos utilizando la paralelizaci&oacute;n de c&oacute;digos R y Fortran en un superordenador. Este nuevo enfoque tiene muchos beneficios cient&iacute;ficos, pero muy pocos participantes podr&iacute;an reproducirlo sin unas capacidades espec&iacute;ficas. Desde noviembre de 2015, el H2020 BlueBridge project est&aacute; financiando un ingeniero para crear un sitio web (o VRE de Entorno de investigaci&oacute;n virtual) en el que los usuarios puedan parametrizar y ejecutar varios pasos del trabajo de la evaluaci&oacute;n de at&uacute;n rojo del este. Reempaquetando los c&oacute;digos facilitados por el grupo de especies de at&uacute;n rojo de ICCAT, los mismos c&oacute;digos son ahora ejecutables online. Pueden ser parametrizados, ejecutados y editados por cualquiera a partir de una simple p&aacute;gina web y los resultados se presentan en un formato de datos est&aacute;ndar. En esta etapa, este VRE viene con varios servicios web de colaboraci&oacute;n: un espacio de trabajo para compartir documentos o datos, p&aacute;ginas web o servidor RStudio para procesar los datos online y un servicio de comunicaci&oacute;n automatizado para generar documentos de forma din&aacute;mica empaquetando estos resultados. Dicho entorno de colaboraci&oacute;n permite almacenar y acceder a todo el conjunto de datos y c&oacute;digos fuente para replicar resultados pasados o intentar nuevas parametrizaciones del modelo con herramientas usuales o formularios web simples. Se prev&eacute; que dicho enfoque proporcione m&aacute;s transparencia y colaboraci&oacute;n entre los grupos de trabajo.</p>
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How to cite 

Imzilen Taha, Bonhommeau Sylvain, Rouyer Tristan, Kell Laurence T, Barde Julien (2017). Online collaborative environment to run the eastern bluefin tuna stock assessment workflow. Collective volume of scientific papers ICCAT, 73(7), 2528-2534. Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00403/51471/