Le Réseau national de surveillance microbiologique mis en place par l'Ifremer en 1989 permet de porter une appréciation sur la salubrité des zones conchylicoles. Les indicateurs de contamination sont les coliformes fécaux. Les résultats sont exprimés en nombre le plus probable (NPP) de coliformes fécaux (CF) par 100 grammes de chair de coquillages et de liquide intervalvaire. La fréquence de prélèvement est mensuelle et l'effort d'échantillonnage (nombre de points de prélèvements par secteur) est proportionnel à un indice de risque qui tient compte à la fois de la qualité bactériologique estimée du secteur et de sa production coquillière. Le positionnement des points de prélèvement est de type systématique.