| Type |
Thèse |
| Date |
2015-12-07 |
| Langue(s) |
Français |
| Auteur(s) |
Hogrel Gaëlle1, 2 |
| Affiliation(s) |
1 : UBO, France
2 : Ifremer, France |
| Université |
Université de Bretagne Occidentale |
| Discipline |
Biochimie-Microbiologie |
| Directeur de thèse |
Didier Flament |
| Financement |
UBO |
| Mot-Clé(s) |
Archée, Réplication et Recombinaison de l’ADN, Interaction protéine-protéine. |
| Résumé |
Vivant à des températures supérieures à 80°C, les archées hyperthermophiles ont démontré une capacité étonnante à se remettre de dommages dans leur ADN, suggérant la présence de gardiens du génome particulièrement efficaces. Ces gardiens, des protéines relativement similaires entre archées et eucaryotes, agissent et interagissent dans un ballet savamment orchestré par la cellule. Pourtant plusieurs protéines impliquées dans des voies essentielles à la réparation de l’ADN manquent à l’appel chez les archées. Pour avancer dans la connaissance sur ces mécanismes de la maintenance génomique chez les archées, un réseau d’interactions protéine-protéine a été révélé précédemment au laboratoire à partir des protéines de Pyrococcus abyssi. Ces travaux ont dévoilé de nouvelles interactions où interviennent protéines de la réplication et protéines de la réparation de l’ADN. Décrire l’interaction pour mieux comprendre sa fonction, voici la démarche suivie et présentée dans ce manuscrit pour les duos : PCNA/Mre11-Rad50 et MCM/XPD. Pour la première fois chez Pyrococcus furiosus, une interaction physique et fonctionnelle a été démontrée entre PCNA, le maestro de la réplication, et Mre11-Rad50, le complexe de la recombinaison. À travers cette étude un motif d’interaction au PCNA dérivé du PIP-motif a été identifié dans la séquence de Mre11 qui a également été révélé dans toutes les séquences Mre11 connues chez les Thermococcales, soulevant diverses interrogations quant à sa présence parmi des archées hyperthermophiles. Pour la seconde étude, la caractérisation de l’hélicase réplicative MCM de P. abyssi a été menée via une approche biophysique basée sur des techniques de fluorescence. Les difficultés rencontrées durant la production de son partenaire potentiel XPD, n’ont toutefois pu permettre la caractérisation de leur interaction. Plus généralement ces interactions s’inscrivent dans un contexte où le couplage de la réplication avec des processus de réparation trouve son importance particulièrement chez les archées de l’extrême, archées qui se révèlent être de passionnants modèles pour l’étude des mécanismes de la maintenance génomique. |
| Keyword(s) |
Archaea, DNA replication, DNA repair & recombination, protein-protein interaction. |
| Résumé en anglais |
Living at temperatures above 80°C, hyperthermophilic Archaea demonstrated amazing capacity to recover from DNA damages, suggesting they arguably have efficient genome guardians. These guardians, proteins which are relatively similar between Archaea and eukaryotes, act and interact like a ballet orchestrated by the cell. Several proteins involved in essential repair pathway in eukaryotes are missing in Archaea. To gain insights into archaeal genome maintenance processes, a previous work proposed a protein-protein interaction network based on Pyrococcus abyssi proteins. Through this network, new interactions involving proteins from DNA replication and proteins from DNA repair were highlighted. To describe interactions for a better understanding of their functions, was the aim of the work presented here for two protein interactions: PCNA/Mre11-Rad50 and MCM/XPD. For the first time in Pyrococcus furiosus, we demonstrated both physical and functional interplay between PCNA, the replication maestro, and Mre11-Rad50, a complex involved in recombination process. An interaction PCNA binding motif (PIP-like motif) was identified in Mre11 and was also revealed among all Thermococcales Mre11 sequences, raising questions about its presence in hyperthermophilic Archaea. For the second studied interaction, we used a biophysics approach based on fluorescent technics to characterise helicase activity of P. abyssi MCM. As several problems were encountered for XPD production, we did not characterise the helicase interaction. These two interactions are part of a more general context, where combined DNA replication and DNA repair processes could be important, especially for extremophile Archaea, Archaea which are amazing study models for understanding molecular processes ensuring genome integrity |
| Texte intégral |
| Fichier |
Pages |
Taille |
Accès |
| 40351.pdf |
196 |
7 MB |
Libre accès |
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