Les zones côtières sont des systèmes dynamiques exposés à l’effet des variations climatiques et des impacts anthropiques influençant la diversité des communautés. Dans ces écosystèmes, le phytoplancton joue un rôle important de par sa place comme producteur primaire et intègre les effets des changements globaux et des variations de la qualité des eaux côtières. L’objectif général de ce travail a été d’étudier les variations à long-terme de la diversité des communautés phytoplanctoniques en eaux côtières à différentes échelles et niveaux d’organisation. Les données recueillies par le Réseau d’Observation et de la Surveillance du Phytoplancton et des Phycotoxines de l’IFREMER ont permis d’examiner, dans un première partie, les variations temporelles des assemblages sur deux décennies à l’échelle du littoral français et la relation avec les variations de l’environnement. Les tendances observées ne sont en général pas identiques dans les différentes zones du littoral, soulignant une forte composante locale ou régionale, caractéristique des écosystèmes côtiers. La seconde partie porte sur les conditions favorables à la présence de certaines unités du phytoplancton. La niche écologique des unités a été caractérisée par leur marginalité, leur tolérance et leur degré de chevauchement, apportant des informations sur des unités indicatrices des conditions environnementales spécifiques. Enfin, la contribution des taxons benthiques aux assemblages phytoplanctoniques a été analysée à partir de leur forme de vie et de la dynamique temporelle de leur remise en suspension.

Coastal areas are highly-dynamic systems exposed to the effect of climate variations and human impacts, influencing the community diversity. In these ecosystems, the phytoplankton constitutes the base of food webs and integrates the effects of global changes and quality variations of coastal waters. In this context, the general objective of this study was to assess the long-term changes in the diversity of phytoplankton communities in coastal waters at different dcales and levels of organisation. Firstly, the data collected by the Phytoplankton and Phycotoxin Monitoring Network from the IFREMER was examined to study the temporal variations of the assemblages within the last two decades along the French coast and to assess the relationship with the modifications in their environment. Generally, long-term trends are not identical across the different coastal zones, noting that these changes may have a strong local or regional component which is a characteristic of coastal ecosystems. The second part focuses on the study of environmental conditions favorable to the presence of a number of phytoplankton units. The ecological niche of these units was characterized by their marginality, their tolerance and their degree of overlap, providing information about taxon indicator of specific environmental conditions. Finally, the contribution of benthic taxa to phytoplankton assemblages has been analyzed using their life-forms and the temporal dynamic of their resuspention in the water column.