Catalogue illustré des images d’un set d'apprentissage réalisé à l'aide de l’outil FlowCAM – ZooPhytoImage utilisé dans le cadre du REPHY. Images issues de numérisations de phytoplancton au grossissement 4X, d'échantillons d'eau, pour le set d’apprentissage global Manche-Atlantique

Type Document technique (spécification, manuel, ...)
Date 2015-11
Langue(s) Français
Référence R.INT.ODE/DYNECO/VIGIES/15-14
Auteur(s) Neaud-Masson Nadine1
Contributeur(s) Blondel Camille, Lefebvre AlainORCID, Hebert Pascale, Maurer Daniele, Meteigner Claire, Rumebe Myriam, Wacquet Guillaume
Affiliation(s) 1 : Ifremer, france
Résumé Dans la démarche de constituer un set d'apprentissage pour l'outil de reconnaissance du phytoplancton généré grâce au logiciel ZooPhytoImage, trois laboratoires de l'Ifremer équipés d'un FlowCam dédié au REPHY ont participé à l'acquisition d'images* : Boulogne-sur-mer (LER/BL), Nantes (LER/MPL/NT) et Arcachon (LER/AR).
Un set d'apprentissage "global" Manche-Atlantique 4X composé d'images provenant des banques d'images créées sur les trois sites d'acquisition a été constitué. Les images sont issues de 113 échantillons d'eau de mer d'Atlantique de 2011 à 2014 et 127 de Manche de 2013. Ce set est une base de travail pour les utilisateurs. Il doit être complété notamment pour inclure les classes peu abondantes ou encore non alimentées. Ce set doit aussi être optimisé par les utilisateurs pour créer un outil de reconnaissance performant et adapté.
Les utilisateurs du logiciel ZooPhytoImage, plus particulièrement lors des étapes de corrections d'erreurs de l'analyse d'échantillon, doivent avoir une connaissance visuelle de la représentation des particules dans chaque classe. D'autant plus s'ils n'ont pas participé à la constitution de la bibliothèque d'image. Il est apparu donc nécessaire de créer un catalogue de ces images, car visualiser les images directement dans l'arborescence numérique s'avère très fastidieux.
Ce document présente un échantillon d'images de chaque classe qui constitue ce set d’apprentissage Manche-Atlantique 4X, et aussi les classes dont les abondances sont insuffisantes pour être intégrés au set et pour lesquelles la collecte de nouvelles images est attendue (). L’ordre de présentation des classes intégrées au set correspond à l’ordre d’apparition de ces classes dans l’outil ZooPhytoImage, qui correspond à l’ordre des classes dans l’arborescence des répertoires contenant les vignettes.
Texte intégral
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Comment citer 

Neaud-Masson Nadine (2015). Catalogue illustré des images d’un set d'apprentissage réalisé à l'aide de l’outil FlowCAM – ZooPhytoImage utilisé dans le cadre du REPHY. Images issues de numérisations de phytoplancton au grossissement 4X, d'échantillons d'eau, pour le set d’apprentissage global Manche-Atlantique. R.INT.ODE/DYNECO/VIGIES/15-14. https://archimer.ifremer.fr/doc/00340/45157/