Les études menées ces dernières années, en particulier au travers d'un projet conventionné par l’ONEMA sur trois ans (2013‐2015), ont montré que la fraction du phytoplancton non identifiable au microscope optique et correspondant au nano‐ et au pico‐phytoplancton (respectivement < 20 μm et < 2 μm) jouait un rôle écologique majeur, et qu’il était impossible de comprendre le fonctionnement de l’écosystème sans elle. Par ailleurs, l’évolution récente des techniques analytiques ouvrait de nouvelles perspectives pour une évaluation plus fine de l’indicateur phytoplancton. Parmi les possibilités offertes par les nouvelles technologies : l’approche pigmentaire par les mesures en HPLC (chromatographie liquide haute performance) semblait prometteuse de par sa facilité de mise en oeuvre et sa capacité d’intégration de l’information. Elle permet en effet, à partir d’échantillons d’eau de mer filtrés, d’accéder à la composition phytoplanctonique de toutes les classes de taille, incluant les cyanobactéries. Cette méthode a donc au moins deux avantages : (i) elle inclut une mesure plus fine (en termes de limite de détection) de la chlorophylle‐a, faite jusqu’ici par d’autres méthodes (spectrophotométrie ou fluorimétrie, qui n’auront donc plus besoin d’être utilisées, quand les analyses pigmentaires pourront être faites en routine), (ii) elle complète les dénombrements phytoplanctoniques (qui restent indispensables pour avoir une compréhension fine des populations du micro‐phytoplancton au niveau taxinomique), avec la mesure d’un certain nombre de pigments.

Une étude préliminaire sur les eaux de la Manche et de l’Atlantique a permis de valider la pertinence d’un indice composition basé sur les analyses pigmentaires (Lampert, 2015). Il s'agit donc maintenant d'acquérir les données qui permettront de construire un indice composition qui pourrait compenser les faiblesses éventuelles des deux autres indices biomasse et abondance, et ainsi d’améliorer l’indicateur phytoplancton tout en affinant les évaluations des masses d’eau pour cet indicateur. Plus spécifiquement en Méditerranée, une étude menée en 2012 par la STARESO, et conventionnée par l’ONEMA, avait déjà conduit à la description d’un indice composition, basé sur les pigments et adapté aux eaux méditerranéennes et en particulier corses (Goffart, 2013).

En décembre 2015, lors du GT DCE national à Paris, les interventions conjointes de Luis Lampert d’une part, et d’Anne Goffart d’autre part, ont conclu à la nécessité d’un rapprochement entre les actions conduites en Manche‐Atlantique et en Méditerranée pour les pigments, en particulier sur les traitements des données et le calcul de l’indice composition, qui feront l'objet d'un soutien AFB en 2018.