FN Archimer Export Format
PT J
TI Online collaborative environment to run the eastern bluefin tuna stock assessment workflow
BT 
AF IMZILEN, Taha
   BONHOMMEAU, Sylvain
   ROUYER, Tristan
   KELL, Laurence T
   BARDE, Julien
AS 1:1;2:2;3:3;4:4;5:1;
FF 1:;2:PDG-RBE-DOI;3:PDG-RBE-MARBEC-LHM;4:;5:;
C1 IRD, UMR MARBEC 248, Av. Jean Monnet, 34200 Sète, France
   IFREMER, - Le Port, La Réunion, France
   IFREMER, - UMR MARBEC 248, Av. Jean Monnet, 34200 Sète, France
   ICCAT, Secretariat, C/ Corazón de María 8, 28002 Madrid, Spain
C2 IRD, FRANCE
   IFREMER, FRANCE
   IFREMER, FRANCE
   ICCAT, SPAIN
SI LA REUNION
   SETE
SE PDG-RBE-DOI
   PDG-RBE-MARBEC-LHM
TC 0
UR https://archimer.ifremer.fr/doc/00403/51471/52042.pdf
LA English
DT Article
DE ;Bluefin tuna;scientific cloud;stock assessment;grid computing;online processing
AB Dans cette note, nous décrivons une approche qui permet d'exécuter en ligne le jeu de codes utilisés pour l'évaluation du stock de thon rouge de l'Est (BFT-E) à l'ICCAT. En 2014, le groupe d’espèces sur le thon rouge de l’ICCAT a pu exécuter des milliers de scénarios de modèles en utilisant la parallélisation des codes R et Fortran sur un superordinateur. Cette nouvelle approche présente beaucoup d'avantages scientifiques, mais très peu de participants seraient en mesure de la reproduire sans compétences spécifiques. Depuis novembre 2015, le projet BlueBridge project H2020 finance un ingénieur pour créer un site Web (ou VRE pour « Virtual Research Environment »), où les utilisateurs pourront paramétrer et exécuter diverses étapes du flux de travail d'évaluation du stock de thon rouge de l’Est. En reconditionnant les codes fournis par le groupe d’espèces sur le thon rouge de l’ICCAT, les mêmes codes sont maintenant exécutables en ligne. Ils peuvent être paramétrés, exécutés et édités par n'importe qui à partir d'une simple page Web et les sorties des données sont livrées dans un format de données standard. À ce stade, ce VRE est accompagné de divers services Web collaboratifs : un espace de travail pour partager des documents ou des données, des pages Web ou du serveur RStudio pour traiter des données en ligne et un service de rapport automatisé pour générer dynamiquement des documents qui présentent ces résultats. Un tel environnement collaboratif permet de stocker et d'accéder à l'ensemble des données et des codes sources pour reproduire les résultats passés ou pour essayer de nouveaux paramétrages du modèle avec des outils habituels ou de simples formulaires Web. Une telle approche devrait donner plus de transparence et de collaboration au sein des groupes de travail. 
AB In this note, we describe an approach which makes possible to execute online the set of codes used for eastern bluefin tuna (BFT-E) stock assess-ment at ICCAT. In 2014, ICCAT BFT-E working group has been able to execute thousands of model runs by using parallelization of R and Fortran codes on a supercomputer. This new approach has a lot of scientific benefits, but very few participants would be able to reproduce it without specific skills. Since november 2015, the H2020 BlueBridge project is funding an engineer to set up a WebSite (or VRE for Virtual Research Environment) where users will be able to parametrize and execute various steps of the BFT-E stock assessment workflow. By repackaging codes provided by ICCAT BFT-E working group the same codes are now executable online. They can be parametrized, executed and edited by anybody from a simple web page and data outputs are delivered in standard data format. At this stage, this VRE comes with various collaborative Web Services: a workspace to share documents or data, Web pages or RStudio server to process data online and an automated report service to dynamically generate documents packaging these results. Such a collaborative environment enables to store and access the whole set of data and source codes to replicate past results or to try new parametrizations of the model with usual tools or simple web forms. Such an approach is expected to give more transparency and collaboration within working groups. 
AB Se describe un enfoque que hace posible ejecutar online el conjunto de códigos utilizados para la evaluación del stock de atún rojo del este (BFTE) de ICCAT. En 2014, el Grupo de especies de atún rojo de ICCAT ha podido ejecutar miles de ensayos de modelos utilizando la paralelización de códigos R y Fortran en un superordenador. Este nuevo enfoque tiene muchos beneficios científicos, pero muy pocos participantes podrían reproducirlo sin unas capacidades específicas. Desde noviembre de 2015, el H2020 BlueBridge project está financiando un ingeniero para crear un sitio web (o VRE de Entorno de investigación virtual) en el que los usuarios puedan parametrizar y ejecutar varios pasos del trabajo de la evaluación de atún rojo del este. Reempaquetando los códigos facilitados por el grupo de especies de atún rojo de ICCAT, los mismos códigos son ahora ejecutables online. Pueden ser parametrizados, ejecutados y editados por cualquiera a partir de una simple página web y los resultados se presentan en un formato de datos estándar. En esta etapa, este VRE viene con varios servicios web de colaboración: un espacio de trabajo para compartir documentos o datos, páginas web o servidor RStudio para procesar los datos online y un servicio de comunicación automatizado para generar documentos de forma dinámica empaquetando estos resultados. Dicho entorno de colaboración permite almacenar y acceder a todo el conjunto de datos y códigos fuente para replicar resultados pasados o intentar nuevas parametrizaciones del modelo con herramientas usuales o formularios web simples. Se prevé que dicho enfoque proporcione más transparencia y colaboración entre los grupos de trabajo. 
PY 2017
SO Collective volume of scientific papers ICCAT
SN 1021-5212
PU International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas
VL 73
IS 7
BP 2528
EP 2534
ID 51471
ER

EF