Workflows novateurs pour une analyse métabolomique plus claire et plus intégrative
Autre(s) titre(s) | Innovative workflows towards more transparent and integrative metabolomics analysis | ||||||||
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Type | Poster | ||||||||
Date | 2019-03-14 | ||||||||
Langue(s) | Français | ||||||||
URL alternative | https://www.biogenouest.org/contenu/gen2bio | ||||||||
Auteur(s) | Mondeguer Florence1, Allard Pierre-Marie2, Souard Florence3, 4, Elie Nicolas5, Guitton Yann6, Sibat Manoella1, Siano Raffaele1 | ||||||||
Conférence | Gen2Bio. 14 Mars 2019, Angers, France | ||||||||
Note | ThalassOMICS Metabolomics Facility, Plateforme Corsaire, Biogenouest, 44311 Nantes, France | ||||||||
Résumé | Au cours de leur cycle de vie, Alexandrium minutum et Scrippsiella donghaienis peuvent produire des kystes résistants et revivifiables qui peuvent s'accumuler dans les sédiments marins pendant des centaines d'années. Notre hypothèse de travail suppose que ces deux genres ont "enregistré" leur adaptation à des changements écosystémiques dans ces cellules préservées sous la forme de kystes. À partir de ces kystes revivifiés, des cultures de dinoflagellés toxiques et non toxiques (Alexandrium minutum et Scrippsiella donghaienis) ont été analysées par une approche métabolomique afin d'étudier les réponses adaptatives possibles du phytoplancton à ces modifications des écosystèmes côtiers. Les souches ont été obtenues à partir de sédiments datés isotopiquement, 1986 et 1996 pour "anciens" et 2006 pour "modernes". Au total, 84 échantillons ont été obtenus. Chaque condition expérimentale (combinaisons d'espèces, âge, phase de croissance) a été cultivée en triple. Des extraits de différentes phases de croissance des souches anciennes et modernes d'Alexandrium minutum et de Scrippsiella donghaienis ont été analysés par LC-HRMS et comparés via de 2 workflows: une plateforme de chimiométrie, Agilent Mass Profiler Professional (MPP) et le portail collaboratif "Workflow4Metabolomics". Il est intéressant de noter qu'indépendamment des workflows utilisés (MPP ou Galaxy), les profils métabolomiques de cultures réactivées à des âges différents étaient plus différents que ceux de phases de croissance différentes. Alors qu'A. Minutum ne montrait pas de manière générale les métabolites spécifiques des différentes étapes mais seulement des composés communs, S. donghaienis contenait des métabolites spécifiques pour le déficit en phosphore. L'analyse du réseau moléculaire (GNPS-MetGem) a permis de mieux comprendre ces métabolites produits dans des conditions de carence en phosphore. |
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Résumé en anglais | During their life cycle, Alexandrium minutum and Scrippsiella donghaienis can produce resistant and revivable cysts that can accumulate in marine sediments for hundreds of years. Our working hypothesis assumes that these two genera have "recorded" their adaptation to ecosystem changes in these cells preserved in the form of cysts. From these revived cysts, toxic and non-toxic dinoflagellate cultures (Alexandrium minutum and Scrippsiella donghaienis) were analyzed by a metabolomic approach to investigate the possible adaptive responses of phytoplankton to these changes in coastal ecosystems. |
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Texte intégral |
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