FN Archimer Export Format
PT C
TI Sélection de workflows adaptés à une analyse métabolomique plus transparente et intégrative
OT Screening workflows towards more transparent and integrative metabolomics analysi
BT 
AF MONDEGUER, Florence
   Allard, Pierre-Marie
   Souard, Florence
   Elie, Nicolas
   Guitton, Yann
   SIBAT, Manoella
   SIANO, Raffaele
AS 1:1;2:2;3:3,4;4:5;5:6;6:1;7:7;
FF 1:PDG-ODE-DYNECO-PHYC;2:;3:;4:;5:;6:PDG-ODE-DYNECO-PHYC;7:PDG-ODE-DYNECO-PELAGOS;
C1 Ifremer DYNECO/PHYC – Centre Atlantique, 44311 Cedex 03, Rue de l'Île d'Yeu, Nantes, France
   School of Pharmaceutical Sciences (EPGL), University of Geneva, University of Lausanne, (CMU), Geneva, Switzerland
   Département de Pharmacochimie Moléculaire, CNRS UMR5063, Université Grenoble Alpes, 38400, St Martin d’Heres, France
   Laboratoire de Pharmacognosie, de Bromatologie et de Nutrition Humaine, Université Libre de Bruxelles, 1050 Brussels, Belgium
   Institut de Chimie des Substances Naturelles, CNRS]ICSN UPR2301, Universite Paris]Sud, Gif]sur]Yvette, France
   LABERCA, Oniris, INRA, Université Bretagne-Loire, Nantes, France
   Ifremer DYNECO/Pelagos – Centre de Bretagne, Technopole Brest Iroise, BP 70, 29280, Plouzané, France
C2 IFREMER, FRANCE
   UNIV GENEVA, SWITZERLAND
   UNIV GRENOBLE ALPES, FRANCE
   UNIV LIBRE BRUXELLES, BELGIUM
   UNIV PARIS SUD, FRANCE
   ONIRIS, FRANCE
   IFREMER, FRANCE
SI NANTES
   BREST
SE PDG-ODE-DYNECO-PHYC
   PDG-ODE-DYNECO-PELAGOS
UR https://archimer.ifremer.fr/doc/00498/60941/64339.pdf
LA French
DT Poster
AB Au cours de leur cycle de vie, Alexandrium minutum et Scrippsiella donghaienis peuvent produire des kystes résistants et revivables qui peuvent s'accumuler dans les sédiments marins pendant des centaines d'années. Notre hypothèse de travail suppose que ces deux genres ont "enregistré" leur adaptation aux changements de l'écosystème dans ces cellules conservées sous forme de kystes. À partir de ces kystes réanimés, des cultures de dinoflagellés toxiques et non toxiques (Alexandrium minutum et Scrippsiella donghaienis) ont été analysées par une approche métabolomique afin d'étudier les réponses adaptatives possibles du phytoplancton à ces changements des écosystèmes côtiers. Les souches ont été obtenues à partir de sédiments datés isotopiquement, 1986 et 1996 pour "anciennes" et 2006 pour "modernes". Au total, 84 échantillons ont été obtenus. Chaque condition expérimentale (combinaisons d'espèces, âge et phase de croissance) a été cultivée en triple. Des extraits de différentes phases de croissance des souches anciennes et modernes d'Alexandrium minutum et de Scrippsiella donghaienis ont été analysés par LC-HRMS et comparés via deux flux de travail: une plate-forme chimiométrique, Agilent Mass Profiler Professional (MPP) et le portail collaboratif "Workflow4Metabolomics". Il est intéressant de noter que, quels que soient les workflows utilisés (MPP ou Galaxy), les profils métabolomiques des cultures réactivées à différents âges étaient plus différents de ceux des différentes phases de croissance. Bien qu' A.minutum ne montre généralement pas les métabolites spécifiques des différents stades mais seulement des composés courants, S. donghaienis contient des métabolites spécifiques du déficit en P. L'analyse du réseau moléculaire (MZmine2_GNPS_ Cytoscape_MetGem) a permis de mieux comprendre ces métabolites produits dans des conditions de carence en phosphore. 
AB During their life cycle, Alexandrium minutum and Scrippsiella donghaienis can produce resistant and revivable cysts that can accumulate in marine sediments for hundreds of years. Our working hypothesis assumes that these two genera have "recorded" their adaptation to ecosystem changes in these cells preserved in the form of cysts. From these revived cysts, toxic and non-toxic dinoflagellate cultures (Alexandrium minutum and Scrippsiella donghaienis) were analyzed by a metabolomic approach to investigate the possible adaptive responses of phytoplankton to these changes in coastal ecosystems. The strains were obtained from isotopically dated sediments, 1986 and 1996 for "ancient" and 2006 for "modern". In total, 84 samples were obtained. Each experimental condition (species combinations, age, and growth phase) was grown in triplicate. Extracts from different growth phases of the ancient and modern strains of Alexandrium minutum and Scrippsiella donghaienis were analyzed by LC-HRMS and compared via two workflows: a chemometrics platform, Agilent Mass Profiler Professional (MPP) and the collaborative portal "Workflow4Metabolomics". It is interesting to note that regardless of the workflows used (MPP or Galaxy), the metabolomic profiles of cultures reactivated at different ages were more different than those of different growth phases. While A. Minutum did not generally show the specific metabolites of the different stages but only common compounds, S. donghaienis contained metabolites specific for P deficiency. Molecular network analysis (MZmine2_GNPS_ Cytoscape_MetGem) provided a better understanding of these metabolites produced in phosphorus deficiency condition. 
PY 2019
PD MAY
ID 60941
ER

EF