A l'interface continent-océan, le milieu estuarien constitue l'aboutissement des déchets de la plupart des activités anthropiques. La présence d'une part de ce "goulot d'étranglement" des apports contaminants vers la mer, l'existence d'autre part de caractéristiques hydrosédimentologiques et biologiques de stockage des contaminants, rendent ce système particulièrement vulnérable et nécessite de développer une gestion qui lui soit spécifique.