Intérêt des essais interlaboratoires dans la validation d’un indicateur national de suivi épidémiologique de l’épidémie de SARS-CoV-2 par les eaux usées (en France)
| Type | Poster | ||||||||
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| Date | 2021-09 | ||||||||
| Langue(s) | Français | ||||||||
| URL alternative | https://www.alphavisa.com/sfm/2021/fr/ | ||||||||
| Auteur(s) | Garry Pascal 1, Ollivier Joanna1, Schaeffer Julien1, Jousse Sarah1, Ccos Obepine , Le Guyader Soizick1 |
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| Affiliation(s) | 1 : IFREMER, Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie (RBE/SG2M/LSEM), Nantes | ||||||||
| Conférence | SFM 2021 - 16e congrès national de la Société Française de Microbiologie « MICROBES ». 22 au 24 septembre 2021, Nantes | ||||||||
| Résumé | Introduction et objectifs Le consortium Obépine (Observatoire épidémiologique dans les eaux usées) a développé un outil de surveillance épidémiologique de la circulation du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Cet outil est un indicateur basé sur la quantification du virus dans les eaux usées prélevées dans 168 stations couvrant le territoire national et l’outre-mer, par un réseau de laboratoires. L’utilisation opérationnelle, dans la surveillance épidémiologique de l’épidémie, de l’indicateur de tendances construit selon des modèles mathématiques nécessite de s’assurer que les laboratoires du réseau sont en capacité de rendre des résultats homogènes et justes. L’organisation de comparaisons inter-laboratoires (CIL) est un moyen permettant de s’en assurer. Dans le cadre du réseau OBEPINE trois CIL ont été réalisées, seul le dernier fait l’objet de cette présentation. Matériels et Méthodes Cinq échantillons d'eau usée identiques et naturellement contaminés par du SARS-CoV-2 ont été envoyés aux laboratoires participants, ainsi qu’un sixième non contaminé afin de vérifier la spécificité des méthodes appliquées. Chacun des laboratoires a été évalué selon deux paramètres : la fidélité et la justesse respectivement évaluées par la statistique k de Mendel et le score Z. En l'absence méthode normalisée, les participants ont appliqué l’approche quantitative utilisée au sein de leur laboratoire. Les séquences cibles de la RT-qPCR pour cet essai étaient le gène RdRp IP4, le gène CoV E. Résultats, discussion et conclusion Vingt-trois laboratoires ont participé à l’essai. Les valeurs assignées (calculées à partir des résultats de l’ensemble des participants) étaient de 4,79 et 4,67 unités Log cRNA/L respectivement pour le gène RdRp IP4 et le gène CoV E. Pour le gène RdRp IP4, huit laboratoires ont obtenu des résultats non satisfaisants et deux laboratoire des résultats discutables. Pour le gène CoV E, cinq laboratoires ont obtenu des résultats non satisfaisants et deux laboratoire des résultats discutables. Un laboratoire a détecté le virus dans l’échantillon négatif. La majorité des résultats non satisfaisants est liée à un problème de fidélité (dispersion importante des valeurs obtenues par le laboratoire pour un même échantillon). Un travail pour identifier et comprendre l’origine des différences entre laboratoires a été initié. L’amélioration de la performance des laboratoires passe également par la standardisation de la méthode (normalisation). |
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| Texte intégral |
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