L'étang de Thau, sur la côte méditerranéenne française, est régulièrement soumis à des phénomènes anoxiques appelés "malaïgues". Ces phénomènes interviennent lors de baisses d'intensité du vent en été et sont principalement dus à l'accumulation dans le sédiment de rejets organiques provenant des cultures conchylicoles qui occupent 1/5 ème de la superficie de l'étang. Dans le but de lutter contre ces crises anoxiques, un programme de recherche appelé OXYTHAU a été lancé en 1991 et propose entre autres d'aborder la modélisation de l'écosystème de l'étang afin d'obtenir une vision synoptique du fonctionnement de ce dernier. Le modèle biologique présenté dans ce document simule ainsi le cycle de l'azote sur un an dans la colonne d'eau et le sédiment au niveau des tables conchylicoles. Il tient compte des apports du bassin versant et de l'atmosphère. Il est constitué de deux sous-modèles concernant respectivement les processus sédimentaires et la croissance d'une huître. Ces deux sous-modèles ont été établis individuellement  Celui portant sur la croissance d'une huître a de plus été calibré dans cet état à partir de données de croissance collectées en différents sites de l'étang, afin d'évaluer la pression de prédation de ces huîtres sur la matière en suspension. Cette étape a permis de soulever certains problèmes quant à la représentation de plusieurs processus. Les deux sous-modèles ont ensuite été couplés à un modèle de production primaire pour aborder le fonctionnement global de l'écosystème. Quelques aspects du rôle des huîtres et du sédiment dans cet écosystème ont ainsi pu être soulignés, dans la limite des capacités du modèle.