La coopération avec les instituts de recherche en sciences marines des pays européens a été affichée par l'IFREMER comme la première priorité dans ses actions de coopération. Cette coopération s'était développée dans les années 70 et 80 sur une base principalement bilatérale, concrétisée souvent par des accords intergouvernementaux ou inter-instituts. Depuis la fin des années 80, cependant, la plupart des projets de recherche dépassent ce cadre pour être menés et financés dans un cadre communautaire, à travers les divers programmes cadres de recherche-développement technologique (PCRDT) qui se sont succédés, en particulier dans les programmes MAST (Marine Science and Technology). L'IFREMER participe ainsi actuellement à environ 45 projets de recherche coopératifs européens, dont 30 ont été approuvés pour la seule année 1992.