Les particules qui se déposent au niveau du compartiment sédimentaire contiennent très souvent des substances chimiques réactives. Celles-ci sont généralement en déséquilibre dans ce nouvel environnement. Elles évoluent au cours de leur enfouissement et sont alors responsables des phénomènes de diagenèse précoce. Les substances organiques sont en particulier sujettes à une forte dégradation sous l'effet de l'activité bactérienne. Cette dégradation s'accompagne de deux phénomènes importants: l'enrichissement en éléments nutritifs et l'appauvrissement en substances oxydantes. La composition des eaux interstitielles est alors affectée.