Les maladies infectieuses constituent un point de blocage majeur au développement et à la pérennité des élevages de mollusques. Le modèle huître plate, Ostrea edulis et son parasite Marteilia refringens nous a permis d'aborder la prévention du transfert des maladies depuis leur zone d'occurrence endémique vers des zones indemnes, par le développement et la mise au point d'outils de diagnostic spécifiques, sensibles et fiables. Les séquences obtenues du gène codant pour la petite sous unité ribosomique ont permis de clarifier la phylogénie et la taxinomie de Marteilia refringens, jusqu'alors contraintes par les limites inhérentes à l'exploration en microscopie. Nous avons montré les implications pratiques de la taxinomie et plaidé pour une attitude pragmatique dans une démarche polyphasique, associant données moléculaires à des considérations de pathologie et d'épidémiologie. Cette approche nous a amené à proposer une distinction entre Marteilia refringens, parasite de l'huître plate, Ostrea edulis, de Marteilia maurini, parasite de la moule, Mytilus edulis et M. galloprovincialis. Un schéma conceptuel du flux génique entre ces deux espèces en cours de spéciation alloxénique est proposé qui devrait permettre de clarifier le rôle de la moule dans la propagation de la marteiliose à Marteilia refringens

Infectious diseases are currently recognised as a major limiting factor to development and sustainability of aquaculture of molluscs. The study is focused on the European flat oyster, Ostrea edulis and its paramyxean parasite Marteilia refringens. Results are contributing to the prevention of risk associated to infected stocks imports from endemic zones, by developing molecular diagnostic tools that are specific, sensible and reliable. Phylogeny and taxonomy of Marteilia refringens, previously impeded by microscopy limits, were clarified by sequencing the rDNA SSU, small sub-unit in the rRNA gene cluster. These new insights have practical implications discussed in a pragmatic polyphasic approach involving pathology and epidemiology. This approach led us to distinguish Marteilia refringens, parasite of flat oysters, Ostrea edulis, from Marteilia maurini, parasite of mussels, Mytilus edulis et M. galloprovincialis. A conceptual model of genic flux between the two species, in an alloxenic speciation process, is proposed as a way to investigate role of mussels in dissemination and propagation of marteilioisis caused by Marteilia refringens.