Le, fortes pluies de printemps ont provoqué un enrichissement et une dessalure des eaux superficielles côtières ; à cette stratification haline est venue s'ajouter, dès le début de l'été, une stratification thermique importante. Début avril, les conditions de milieu onc été optimales pour déterminer l'efflorescence printanière à diatomées Skeletonema costatum responsable de la couleur marron prise par l'eau de mer. Cette prolifération brève a rapidement disparu sous l'effet de l'agitation des masses d'eau. Après la pluviosité exceptionnelle du mois de mai, les conditions sont redevenues propices à un développement abondant des petites diatomées (Chaetoceros et Rhizosolenia) , courant juin, alors que la température de l'air atteignait des valeurs élevées en période de faible agitation des eaux. Ces eaux colorées allaient être suivies d'une prolifération du dinoflagellé Dinophysis acuminata qui contaminait les moules, conduisant alors les pouvoirs publics à interdire la pêche et la commercialisation des mollusques de la baie de Vilaine entre le 7 et le 13 juillet. Par ailleurs, il existe des phases de consommation accrue des sels nutritifs dues à ces proliférations en baie de Vilaine ; ces phases ont été particulièrement marquées en avril et surtout en juin-juillet où phosphates et nitrates constituent des facteurs limitant la croissance phytoplanctonique.