Les rotavirus font partie des principaux virus entériques humains susceptibles d'être rencontrés dans l'environnement. Leur mise en évidence par culture cellulaire dans des prélèvements est longue et peu sensible, ce qui explique le manque de données sur la contamination du littoral. La RT-seminested PCR a été développée pour pallier ces inconvénients. Après une mise au point méthodologique cette technique a été utilisée lors d'études in vitro et in situ. Les études in vitro sur le devenir des rotavirus en eau de mer, suivi par RT-PCR quantitative et par multiplication en culture cellulaire, montrent que dans des conditions proches de celles du milieu naturel (eau de mer non stérile et à une température relativement basse), la détection d'ARN viral peut être corrélée à la présence de virions infectieux. La RT-seminested PCR a permis de détecter lors d'études in situ des rotavirus dans un quart des prélèvements de coquillages et dans la moitié des eaux de rivières et d'emuents de station d'épuration. Afin d'établir une relation entre les souches détectées dans l'environnement et les souches responsables d'infections, les séquences virales amplifiées ont été caractérisées par leur polymorphisme de restriction. Des homologies ont été trouvées entre les différentes souches humaines et la majorité des souches détectées dàns les eaux de station d'épuration. Des relations ont été également établies avec l'origine de la contamination des coquillages.