Malgré l'importance économique des huîtres, les connaissances concernant leurs ressources génétiques de ces espèces restent relativement limitées. Mes travaux de recherche ont eu pour but de d'améliorer les connaissances dans les domaines (1) de la taxomonie, la phylogénie et la phylogéographie des huîtres creuses du genre Crassostrea, (2) du testage de souches de diverses origines géographiques de C. gigas et C. angulata et (3) la caractérisation de la variabilité phénotypique et génétique chez C. gigas pour des caractères d'intérêt aquacole, en vue de leur amélioration par sélection. Les études, basées sur le polymorphisme de l'ADN et la description des chromosomes, ont permis de préciser ou de corriger l'identification, la répartition et les relations phylogénétiques entre certaines espèces. Les comparaisons de souches géographiques de C. gigas et C. angulata, réalisées en laboratoire et en condition de production, montrent des différences ecophysiologiques entre taxon et une meilleure adaptation des populations européennes aux conditions locales. C. gigas présente une grande variabilité phénotypique et génétique pour des caractères d'intérêt aquacole. La variabilité de caractères liés à l'allocation des ressources et les corrélations qui en résulte, ainsi que les spécificités de la production du naissain en écloserie pourraient expliquer la forte variance génétique observée pour des caractères liés à la « fitness ». La mise en place de programmes raisonnés de sélection, à partir de la diversité présente en France, devrait donc conduire à une amélioration efficace des productions.

Despite the economic importance of oyster farming, knowledge about genetic resources of these species is still limited. The objectives of my research were to provide further information about (1) taxomomy, phylogeny and phylogeography of Crassostrea oysters, (2) to compare C. gigas and C. angulata strains of various geographic origins and (3) to study phenotypic and genetic variation for traits of aquacultural interest in C. gigas. Studies based on DNA polymorphism and chromosomes allowed to improve or correct identification, geographic range and phylogeographic relationships among several species. The comparison of various strains of C. gigas and C. angulata, both in laboratory and field conditions, revealed significant differences among taxa and the better adaptation of European strains to local conditions. C. gigas showed a large phenotypic and genetic variability for traits of interest for aquaculture. The observed variability for traits related to resource allocation and their correlation, together with the specific conditions of spat production in hatchery might explain why such a variation is observed for fitness-related traits. The development of selective breeding programmes, based on French C. gigas populations, should lead to efficient improvement of the oyster production.