La capacité nutritionnelle d'un bassin ostréicole dépend des apports de sels nutritifs, de l'hydrodynamique qui conditionne les temps de séjour des masses d'eau permettant au phytoplancton de se développer. Cette quantité de nourriture limitée doit se partager entre les différentes populations naturelles ou sauvages et les populations cultivées (huîtres ou moules). L'ensemble de ces biomasses doit être contrôlé pour ne pas dépasser la limite de la capacité biotique de cet écosystème. Si cette limite est dépassée, ceci se traduit par une baisse de croissance des espèces cultivées, par des périodes de détresse physiologique dues à des mauvaises conditions trophiques, associées à des mortalités chroniques en augmentation et à des épisodes de fortes mortalités causées par des épizooties dont la propagation peut être rapide en liaison avec les fortes densités et le mauvais état physiologique du cheptel. Les travaux sur la capacité trophique des écosystèmes ont permis de proposer des modes de gestion des populations sauvages naturelles ou importées (crépidules, huîtres) en recommandant des procédés d'éradication pour contrôler la prolifération de ces espèces. Parallèlement, des modes de gestion des élevages ont été proposées. Les ostréiculteurs et mytiliculteurs doivent adapter les biomasses en élevage aux potentialités du milieu ; les taux de mortalité et les vitesses de croissance sont de bons indicateurs de la surcharge des bassins. Un modèle empirique et des estimations de biomasses cultivées ont permis de bien identifier les raisons de ces baisses de performances. Des mesures de régulation des densités ont été prises par les professionnels concernés, mais les intérêts économiques individuels de chaque entreprise ne convergent pas vers un intérêt collectif de l'ensemble des entreprises à l'échelle de la baie. Des commissions de cultures marines ont été mises en place pour tenter de résoudre ces divergences d'intérêt pour gérer ces écosystèmes conchylicoles.

The nutritional capacity of an oyster culture basin relies on the nutrient input, as well as the hydrodynamic which conditions the time of residence of the masses of water enabling the development of the phytoplankton. This limited amount of food has to be shared between the different natural populations and the cultivated ones (oysters or mussels). The total amount of these biomasses has to be controlled so as not to exceed the capacity limit.