La modélisation mathématique de processus biologiques est présentée comme un ensemble d'outils de recherche développés en fonction d'un but précis: étude d'impact, bilan énergétique, validation d'hypothèses. Son utilisation doit être précédée d'une réflexion sur les mécanismes mis en jeu, selon que l'on s'intéresse à un écosystème ou un individu (échelle biologique), que des phénomènes physiques sont pris en compte (échelle physique), à une échelle de temps donnée. Il ne saurait alors exister de méthode générale d'analyse tant sont variées les conditions d'étude, mais quelques cas types permettent d'illustrer la démarche du modélisateur et les récents progrès de ses outils.

Mathematical models for biological processes are presented as a set of tools for research, which ilave been created for specifie tasks impact studies, energy budget, test of hypothesis. Before using it, the mecanisms involved must be analysed, depending upon wether a whole ecosystem or one animal is studied (biological scale), physical conditions are taken into account (physical scale), with a predetermined scale for time. The no general method for analysis can be, as conditions of studies are so different, but sorne typical cases can show the approach of the modelizer and the recent developments of its tools.