L'aquaculture et la pêche ne font pas toujours bon ménage : conflit pour les zones de production (élevages en mer), concurrence sur le marché (poisson d'élevage / poisson "sauvage"), et surtout conflit sur la gestion des stocks naturels de juvéniles, parfois exploités pour l'approvisionnement des élevages au détriment d'une production naturelle d'adultes pour le stock exploité par pêche (palourde du golfe du Morbihan, crevettes tropicales, etc). En d'autres cas les techniques d'élevage peuvent se révéler au contraire un outil précieux pour la gestion des stocks naturels, particulièrement pour des animaux plus ou moins sédentaires comme les Mollusques ou les Crustacés. Ici l'élevage des juvéniles va permettre de conforter le stock naturel des animaux exploités par la pêche. Malheureusement les exemples de cette complémentarité sont encore assez rares. L'un des plus intéressants, tout près de chez nous, est l'élevage de juvéniles de coquille Saint-Jacques pour semis sur le gisement naturel de la rade de Brest.