Le Laboratoire Environnement Ressources du Languedoc-Roussillon (LER/LR) opère, sur le littoral des départements des Pyrénées-Orientales, de l’Aude, de l’Hérault et du Gard, les réseaux de surveillance nationaux de l'Ifremer, ainsi que le Réseau de Suivi Lagunaire (RSL), qui a pour but la surveillance du niveau d’eutrophisation des lagunes du Languedoc-Roussillon. En 2009, la surveillance s’est appuyée sur 37 points de prélèvement pérennes REMI, 32 points REPHY, 14 points ROCCH et 1 point REMORA. L’année hydrologique 2009 est caractérisée par des températures hivernales relativement basses (après un hiver 2008 très doux) et par un régime de précipitations normal induisant une fluctuation saisonnière de la salinité des eaux lagunaires plus conforme aux moyennes décennales. Globalement, les profils de contamination microbiologique des coquillages des zones de pêche et d’élevage suivies dans le cadre du REMI en Languedoc-Roussillon, demeurent similaires à ceux observés les années précédentes. Les moules des 4 concessions conchylicoles localisées au large en mer sur des filières et éloignées des sources de contamination fécale d’origine urbaine ou agricole du littoral, présentent en 2009 une très bonne qualité microbiologique. Les niveaux de contamination des tellines de la bande littorale, plus exposées et plus sensibles aux apports des bassins versants, sont faibles à moyens, et compatibles avec le classement en B de ces zones de pêche. Dans les lagunes, les coquillages sont également assujettis à des sources de contamination microbiologique fécale à l’origine de dégradations ponctuelles de leur qualité sanitaire. Les niveaux de contaminations demeurent cependant moyens et compatibles avec le classement en B, dans les zones d’élevage du Prévost, Leucate et Thau et dans 6 des 11 zones de pêche de coquillages fouisseurs suivies. Les résultats acquis sur les palourdes des lagunes de Guissan, Grazel, Leucate Nord, Ingril Sud, ainsi que celles de la zone des Eaux Blanches de la lagune de Thau indiquent une mauvaise qualité microbiologique. Une réflexion est menée par l’Administration, pour interdire l’exploitation des coquillages fouisseurs dans ces zones de pêche, actuellement classées en B. Depuis une dizaine d’années, l’ensemble des genres phytoplanctoniques potentiellement toxiques est observé en Languedoc-Roussillon : Pseudo-nitzschia, Alexandrium (espèce catenella) et Dinophysis. Depuis 2007, des efflorescences à Alexandrium minutum sont également observées dans la lagune de Leucate. En 2009, des épisodes de toxicité des coquillages liée aux toxines lipophiles ont eu lieu pour la lagune de Salses-Leucate où la tendance à la diminution de ces épisodes semble se confirmer ; il en est de même pour les lagunes d’Ingril et de l’Ayrolle. Dans ces deux lagunes, des symptômes atypiques sont observés et les toxicités ont été ponctuellement détectées malgré l’absence de Dinophysis dans l’eau. La surveillance chimique coordonnée et réalisée par Ifremer dans le cadre du ROCCH ne concerne plus que les 3 métaux réglementés au titre de la surveillance sanitaire (cadmium, mercure et plomb). Les contaminations les plus significatives par rapport aux médianes nationales concernent le cadmium dans la lagune de Bages et le plomb à l’embouchure du fleuve Hérault. Au niveau régional, les situations spécifiques sont observées dans la lagune du Prévost, et dans une moindre mesure à Banyuls, pour le mercure. Les trois métaux demeurent en dessous des seuils réglementaires pour l’ensemble des points suivis dans notre région, excepté dans la lagune de Bages où les valeurs fluctuent autour du seuil sanitaire pour le cadmium. L’année 2009 demeure marquée, comme les deux années précédentes, par un épisode de mortalités exceptionnelles des naissains d’huîtres creuses, qui a touché la plupart des zones de production nationales. Dans l’étang de Thau tous les secteurs conchylicoles, toutes les origines et niveaux de ploïdie ont été touchés dès le début du mois de mai. Les pertes mesurées sur les naissains ont atteint plus de 85 %. L’implication de l’herpès virus de l’huître OsHV-1, organisme pathogène de l’huître creuse déjà connu en France, se confirme fortement. Les résultats du projet ADECOM ont déjà permis d’identifier quelques préconisation ou solution alternative en terme de pratiques qui permettraient de réduire les mortalités sur le bassin.