Les lagunes côtières sont des écosystèmes morphologiquement et écologiquement complexes , soumis de conditions environnementales en constante évolution générale. En raison de leur caractère de transition, ils présentent généralement un certain nombre de caractéristiques (forte concentration en éléments nutritifs, qualité du spectre lumineux, gamme de salinité) qui sont de nature à potentiellement influencer les stratégies d'adaptation des micro-organismes photosynthétiques. Les cyanobactéries unicellulaires Synechococcus sont une composante majeure de picophytoplancton marine et d'eau douce. Sa diversité génétique est bien documenté pour ces écosystèmes, mais les connaissances sur la biodiversité et la distribution de ce genre dans les eaux de transition demeure rare. L'analyse phylogénétique d'une bibliothèque de 240 Synechococcus clones de l'environnement (séquences d'ADNr 16S) isolés à partir de différentes lagunes côtières révèle que ces eaux de transition sont peuplées par des souches de Synechococcus diversifiées comprenant des espcèes de lacs d'eau douce, saumâtre, côtiers et marins (sous-groupes 5.1 et 5.2 ). Cette analyse phylogénétique a été combinée avec une analyse de génétique des populations afin de comprendre les relations entre les modèles de structure de la communauté et les paramètres environnementaux.

Coastal lagoons are morphologically and ecologically complex ecosystems, subject to constantly changing environmental conditions generally of much greater magnitude than it is recorded in the open sea. Due to their transitional nature, they usually display a number of specific features (ie. high nutrient concentrations, light spectral quality, salinity range) which are potentially influencing strategies of adaptation of photosynthetic microorganisms. The unicellular cyanobacteria Synechococcus is a major component of marine and freshwater picophytoplankton. Its genetic diversity is well documented for these ecosystems, but knowledge about biodiversity and distribution of this genus in transitional waters remains scarce. The phylogenetic analysis of a library of 240 Synechococcus environmental clones (16S rDNA sequences) isolated from different coastal lagoons reveals that these transitional waters are populated with diverse Synechococcus strains including members from freshwater lakes, brackish, coastal and marine (sub-clusters 5.1 and 5.2) waters. This phylogenetic analysis was combined with an analysis of population genetics in order to understand the relationships between patterns of community structure and environmental parameters.