La surveillance bactériologique de 1989 à 1992 du bassin de Marennes-Oléron et de la rive droite de la Gironde met en évidence la bonne qualité du milieu. Les dépassements de la norme (>300 coliformes fécaux/100 g de chair et liquide intervalvaire) sont peu fréquents. Quelques pollutions sporadiques peuvent apparaître, le plus souvent en été, et sont liées au dysfonctionnement passager des systèmes d'assainissement (postes de relèvement, stations d'épuration) ou aux infiltrations d'eaux usées dans les réseaux pluviaux. L'application de la directive européenne de 1991 aurait une incidence limitée sur le classement des zones de production conchylicoles du bassin de Marennes-Oléron.