Le milieu littoral est soumis localement à de multiples sources de contamination d'origine humaine ou animale : eaux usées urbaines, dysfonctionnements de systèmes d'assainissement collectif ou autonome, rejets industriels, eaux de pluies contaminées par ruissellement sur des zones agricoles. Les coquillages concentrent, en filtrant l'eau, les microorganismes présents naturellement ou accidentellement dans l'eau. La présence dans les eaux littorales de bactéries ou virus potentiellement pathogènes pour l’homme (Salmonella, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae, virus de l’hépatite A) peut constituer un risque sanitaire lors de la consommation de coquillages (gastro-entérites, hépatites virales).

The coastal environment is subject to multiple sources of contamination: urban wastewater, malfunctioning of collective or individual purification systems, discharge of pollutants from industry, contaminated runoff from agriculture areas. Bivalve mollusks are filter feeders, they concentrate the microorganisms naturally or accidentally present in the surrounding sea water. The presence of potentially pathogenic bacteria or viruses in coastal waters (Salmonella, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae, hépatitis A virus) may constitute a risk for molluscan shellfish consumers (gastroenteritis, viral hepatitis).