L’évaluation de l’état écologique des masses d’eau dans le contexte de la DCE s’établit à partir de l’état de chaque élément de qualité définit comme pertinent pour ce type de masse d’eau. Cet état est mesuré par un indice de valeur comprise entre 0 (état très mauvais) et 1 (état très bon) appelé EQR. Cet indice traduit l’écart entre l’état observé et l’état de référence. Pour le cas des eaux littorales françaises, un réseau de sites de référence a été défini en 2006 de manière à collecter les données nécessaires à l’établissement des conditions de référence biologiques. Dans le contexte actuel du second round d’intercalibration, la consolidation de la méthodologie et des critères pour l’établissement des conditions de référence est une priorité du groupe de travail (cross-GIG) sur les conditions de référence (RC WG) entre 2009 et 2011. Dans un premier temps, il est important de préciser les méthodes ayant conduit à l’établissement des conditions de référence pour les différents éléments de qualité lors de la première phase d’intercalibration. Le présent rapport est réalisé dans le cadre de l’action n°2 de la convention Ifremer/Onema 2009, intitulée « consolidation des conditions de référence ». Il réalise notamment une première évaluation de la pertinence du choix des sites du réseau de référence désignés en 2006, et précise, pour chaque élément de qualité biologique, les méthodes ayant conduit à la définition des conditions de référence.