Depuis 1991, des mortalités massives associées à des infections à herpèsvirus sont rapportées chez des larves et des juvéniles de différentes espèces de bivalves dans différentes régions du globe. Un nouveau groupe au sein de la famille des Herpesviridae a été créé afin d'y intégrer les herpèsvirus d'invertébrés marins avec actuellement pour unique représentant le virus infectant l'huître creuse, Crassostrea gigas, OsHV-1. Des études ont porté sur la mise en évidence d'OsHV-1 chez les coquillages d'intérêt économique après développement d'outils de diagnostic rapides et fiables. Ainsi, la maladie est aujourd'hui assez bien connue. Toutefois, le devenir d'OsHV-1 dans le milieu extérieur n'a fait l'objet que de peu d'études. Aussi, l'objectif principal de ce travail EPHE résidait dans l'étude de la persistance éventuelle du virus dans le milieu marin, afin de mieux appréhender les modes de dissémination et de transmission d'OsHV-1 au sein des cheptels de coquillages. Cette démarche, rendue possible par les outils moléculaires disponibles, s'avère indispensable à l'élaboration d'une stratégie de protection des animaux, et cela par le biais d'une meilleure compréhension de l'épidémiologie de ces infections. Dans ce contexte, le travail a constitué d'une part, en une recherche d'ADN d'OsHv-1 par PCR (Polymerase Chain Reaction) dans des échantillons d'eau de claires ostréicoles. Plusieurs fragments de différentes tailles ont été amplifiés. Les amplicons obtenus présentant la taille attendue ont été séquencés afin de vérifier leur spécificité. Aucune homologie avec OsHV-1 n'a pu être mise en évidence. Seuls quelques fragments amplifiés par nested PCR avec les amorces OHV113/OHV114 ont une séquence homologue à OsHV-1. Par ailleurs, certaines séquences obtenues n'ont pas présentés d'homologies avec les séquences référencées dans les banques, rendant difficile toutes interprétations.D'autre part, dans la littérature scientifique, des champignons unicellulaires estuariens ont été décrits comme infectés par des virus de type herpès en microscopie électronique à transmission. Ainsi, des champignons ont été isolés à partir des échantillons d'eau de claires ostréicoles. Parmi ce champignons, un isolat a té sélectionné pour une approche plus complète. Ainsi, une levure du genre Cystofilobasidium a été identifié. Une recherche d'herpèsvirus a été effectuée par PCR et en MET chez cette levure.