Les définitions taxonomiques de Crassostrea angulata et Crassostrea gigas font l'objet de controverses. Les similitudes morphologiques et physiologiques ainsi que l'homogénéité des fréquences allozymiques entre populations des deux taxons orientent les auteurs vers un regroupement au sein d'une seule espèce. Récemment, une étude basée sur l'analyse par RFLP de l'ADN mitochondrial a révélé des différences permettant de distinguer C. angulata et C. gigas. La caractérisation par 4 marqueurs microsatellites de 12 populations des 2 taxons révèlent les points suivants : des déficits en hétérozygotes sont observés dans l'ensemble des populations, l'analyse de la variabilité inter-populations montre l'existence d'une structuration, l'analyse des distances génétiques et la distribution des fréquences alléliques entre taxons révèlent une différenciation entre populations de C. gigas et C. angulata. En comparaison avec les études allozymiques, l'utilisation des marqueurs hypervariables s'avère nettement plus informative dans l'étude des relations génétiques entre l'huître japonaise et portugaise. L'hypothèse initialement émise (données mitochondriales) d'une origine asiatique de Crassostrea angulata est ainsi confortée.