Les 2 taxons d'huîtres creuses C. angulata et C. gigas n'étant pas différenciables sur des critères morphologiques, écologiques ou physiologiques, l'étude de leur passé évolutif fait appel à l'utilisation de marqueurs génétiques. L'étude du polymprohisme des séquences mitochondriales codant pour la sous-unité I de la cytochrome oxydase par la technique de PCR-RFLP a été réalisée sur 197 individus appartenant à 5 populations d'origine géographique différente, de type Crassostrea angulata ou Crassostrea gigas. Elle a permis la construction d'un arbre représentant les relations phylogénétiques entre ces populations. Cet arbre a été comparé à celui établi à partir de l'analyse de 3 marqueurs microsatellites. Les résultats de ces 2 analyses sont similaires et permettent de regrouper 3 populations de type C. gigas et de 2 de type C. angulata. Certaines populations sont très proches avec les données mitochondriales et moins avec les données microsatellites. C'est en grande partie dû au faible polymorphisme entre populations C. gigas (étude PCR-RFLP sur l'ADN mitochondrial) alors qu'avec le nombre d'allèles observés sur les microsatellites, plus de différences apparaissent. La migration en gel de polyacrylamide a permis une séparation plus nette des différents fragments digérés. Elle peut alors faciliter la détection de polymorphismes entre les 2 taxons. Une nouvelle technique de détection du polymorphisme des molécules d'ADN simple brin en gel de polyacrylamide non dénaturant (SSCP) est mise au point au laboratoire. Celle-ci permettrait de détecter de nouveaux polymorphismes des séquences d'ADN dus à une seule paire de base. Les résultats obtenus n'ont pas permis la mise au point de la technique. Celle-ci devra être approfondie.