Le phytoplancton est composé de l’ensemble du plancton végétal, c'est-à-dire des microorganismes photosynthétiques (Jeffrey et al.1997a) dérivant dans les masses d’eaux. Il s’agit de cellules, colonies ou filaments dont les mouvements dépendent essentiellement de ceux de l’environnement aquatique et/ou qui sont mobiles mais dont les déplacements sont relativement restreints dans la masse d’eau. Il existe deux types de phytoplancton selon la présence ou non d’un noyau cellulaire (respectivement Eucaryote et Procaryote), appartenant aux domaines taxonomiques Eukarya et Bacteria, respectivement. Les principaux groupes sont déterminés par des critères morphologiques, cytologiques, génétiques, biochimiques et reproductifs. On distingue plusieurs groupes principaux généralement considérés dans les études de la dynamique phytoplanctonique (liste non exhaustive) : Cyanobactéries, Chlorophytes, Xanthophycées, Chrysophycées, Diatomées (Bacillariophycées), les Cryptophytes, les Dinoflagellés et les Euglènophytes. Une autre classification, selon la taille, se superpose à la précédente: le picoplancton (de 0,2 à 2 μm), le nanoplancton (de 2 à 20 μm) et le microplancton (de 20 à 200 μm). Le phytoplancton est un groupe polyphylétique très diversifié comptant plus de 15000 espèces décrites (Thyssen 2008) dont 4000 marines (Simon et al. 2009) et dont la majorité est probablement toujours non décrite, spécialement au sein du pico- et nanoplancton (Simon et al. 2009).