Les programmes de surveillance liés à la mise en œuvre de la DCE sont coordonnés par le Ministère de l’Ecologie, du Développement Durable, des Transports et du Logement (MEDDTL). Dans chaque bassin hydrographique ce sont les Agences de l’eau qui, avec l’Etat, prennent en charge l’application, la mise en œuvre de ces réseaux. Sur la façade méditerranéenne, Ifremer a assuré pour le compte du Schéma Directeur des Données sur l’Eau la maîtrise d’ouvrage de la deuxième campagne du contrôle de surveillance et la première campagne du contrôle opérationnel, en coordonnant l’ensemble de l’acquisition des données et de leur synthèse en collaboration avec de nombreux partenaires : les Universités, des bureaux d’études, des structures locales de gestion et les services de l’Etat. Les résultats de cette seconde campagne de contrôles DCE (surveillance et opérationnel) permettent d’avoir une bonne vision d’ensemble de la qualité des eaux littorales à l’échelle du district. Outre le suivi de la contamination chimique dans la matière vivante, cette campagne s’est enrichie d’un suivi dans la colonne d’eau avec l’utilisation d’échantillonneurs passifs. En eaux côtières, le déclassement de certaines masses d’eau en état moyen et médiocre est dû aux deux éléments de qualité biologique que sont l’herbier de posidonies et les macroalgues. Pour les eaux de transition, leur qualité biologique est très hétérogène selon les paramètres, avec toutefois le déclassement récurrent par les macrophytes pour une grande majorité d’entre elles. La classification officielle de l’état des masses d’eau du district se fera par le Système d’Evaluation de l’Etat des Eaux (SEEE), sous la responsabilité technique de l’Onema.