L’objectif de ce travail était de définir et tester un protocole d’évaluation de l’état écologique des lagunes oligo et méso-halines (au sens de la Directive Cadre sur l’Eau) en se basant sur les herbiers de « macrophytes ». Ce protocole devait être compatible avec ceux développés respectivement par l’IFREMER pour les lagunes salées et par le CEMAGREF (Bordeaux-Cestas) pour les masses d’eaux douces. Ce travail a été réalisé dans le cadre d’un contrat sous la coordination de l’Agence de l’Eau et de l’IFREMER, avec le partenariat du CEMAGREF Bordeaux. Le protocole a été testé sur 4 lagunes sur la côte méditerranéenne française couvrant une diversité de situations, notamment de pression anthropique: les étangs de Scamandre et de Charnier dans le Gard, de la Grand Palun sur le domaine de la Palissade (Arles), et de Bolmon (Berre). Le protocole combinait deux types de stations de mesure : des stations de pleine eau et des stations littorales. Les stations de pleine eau (1 pour 100 ha pour les lagunes de surface égale ou supérieure à 1000 ha et 1 point pour 50 ha pour les lagunes de taille inférieure) étaient distribuées de façon systématique (grille). La position des stations littorales (1 par type de rive, soit 3 au maximum) était définie de façon aléatoire. La végétation était caractérisée sur chaque station par l’abondance (semi-quantitative) par espèce sur des prélèvements (30) réalisés au moyen d’un râteau muni d’un manche télescopique. Les hélophytes et les plantes inféodées aux zones humides présentes sur une bande de 1 m vers la berge au delà de la limite des eaux étaient notées également et leur abondance estimée. La nature du substrat, la salinité et la transparence de l’eau étaient également notées ainsi que la profondeur maximale de colonisation par les macrophytes sur chaque station.Le recouvrement et la richesse spécifique de la végétation étaient faibles sur chacune des lagunes étudiées. Les valeurs de diversité et d’équirépartition avaient peu de signification du fait de richesses faibles. Les abondances des macrophytes les plus fortes ont été trouvées sur l’étang de Charnier et les plus faibles sur le Scamandre pour les stations de pleine eau. Pour les stations littorales, les abondances les plus fortes ont été trouvées sur l’étang de la Grand-Palun et les plus faibles sur le Bolmon.Les espèces dominantes dans les 4 lagunes sont caractéristiques des eaux meso- à eutrophes et tolérantes à des niveaux de pollution élevés (par ex. Potamogeton pectinatus, Myriophyllum spicatum). Ce sont des espèces adaptées aux conditions difficiles de ces lagunes caractérisées par des salinités fluctuantes et de faibles transparences. Elles ont une faible valeur indicatrice sur la qualité de l’eau mais les espèces compagnes apportent une information supplémentaire. De même la végétation des rives des lagunes ne semble pas posséder une valeur indicatrice pour la qualité de la lagune mais permettrait de caractériser la pression anthropique au travers de la pression d’aménagement des berges.Les résultats sur les caractéristiques des herbiers ne sont pas totalement en cohérence avec le degré d’anthropisation des lagunes ou avec la qualité de l’eau. La lumière semble être le facteur le plus important qui conditionne la distribution des espèces. La turbidité naturelle des eaux est souvent élevée dans les lagunes oligo-halines du fait de la faible granulométrie du sédiment et de son comportement physique dans des eaux peu salées, renforcés par la faible profondeur et le régime de vent. Cette turbidité naturelle élevée limite la valeur indicatrice des macrophytes.

The aim of this project was to develop and test a protocol based on submerged macrophyte beds for the assessment of the ecological status of oligo- and meso-haline lagoons (as defined in the Water Framework Directive). This protocol needs to be compatible with those developed by IFREMER and CEMAGREF-Bordeaux respectively on saline lagoons and freshwater bodies. This project was implemented in the framework of a contract involving IFREMER and CEMAGREF and coordinated by Agence de l’Eau.The protocol was tested on 4 lagoons along the French Mediterranean coast covering a wide range of situations, notably of anthropogenic pressure: Scamandre and Charnier in the Gard Department, the Grand Palun on La Palissade estate (Arles) and Bolmon (Berre). The protocol includes 2 types of monitoring sites: open water sites and shore sites. The open water monitoring sites were distributed in a systematic way according to a grid (1 monitoring site per 100ha for large lagoons, i.e above 1000ha and 1 monitoring site / 50ha for smaller lagoons). The location of the shore monitoring sites was randomly selected (one per type of shore, thus maximum 3 shore monitoring sites). The vegetation was described on each site by the abundance (in a semi-quantitative way) of species on 30 sampling points per site using a rake fitted on a telescopic handle. The helophytes and wetland plants species that were present on 1m strip beyond water edge were listed and their abundance estimated. The type of substrate, the salinity and transparency of water were also measured along with the maximum water depth at which macrophytes were present on each monitoring sites. The cover and the species richness of the vegetation were low in all the studied lagoons. The values of diversity and equitability had little meaning as a result of the low species richness. The higher abundances of macrophytes beds for open water sites were found on the Charnier and the lowest on the Scamandre lagoons. Considering shore sites, the higher abundances were found on Grand Palun and the lowest on Bolmon. The dominant species in the 4 lagoons are characteristic of mesotrophic to eutrophic waters and tolerate high levels of pollutions (e.g. Potamogeton pectinatus, Myriophyllum spicatum). They are well adapted to the harsh ecological conditions met in these lagoons, especially fluctuating salinity and low transparency of water. They show a low indicative value for water quality but the other species present in the communities bring additional information. Similarly, the shore vegetation of the lagoons do not show an indicative value for the status of the lagoon but contributes to the assessment of the anthropogenic pressure through man transformation of the shore. The results show that the characteristic of the macrophyte beds are not fully consistent with the level of human pressure on the lagoon or with water quality. Light is probably an important factor with controls the distribution of species. The water turbidity in oligo-halines lagoons is often naturally high as a result of small grain size of sediment and its physical behavior in waters at low salinity. This is reinforced by the shallow depth of water bodies and the wind regime. This naturally high turbidity reduces the indicative value of macrophyte beds.