Après un rappel sur les risques sanitaires microbiens liés à la consommation de coquillages, sur le fonctionnement et les méthodes d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique des zones de production de coquillages (REMI) et sur la lagune de Thau (caractéristiques, classements sanitaires, production), ce rapport restitue l’ensemble des résultats obtenus dans le cadre du REMI dans cette lagune au cours de la période 1997-2006. Il met en relation la pluviométrie enregistrée à la station météorologique de Sète au cours de la période 1997-2006 et les données REMI acquises au cours de cette période, et présente les différentes hypothèses de contamination du secteur ouest de Marseillan par temps sec. Dans l’objectif de préparation des campagnes de l’étape 2 du projet OMEGA, le suivi de l’impact d’un épisode pluvieux sur la qualité microbiologique des coquillages en élevage de la lagune de Thau est restituée, ainsi que des photos prises lors d’un survol aérien suite à des pluies intenses.

The yearly shellfish harvest on Thau lagoon (75 km2) is about 13 000 tons of oysters and 4 000 tons of mussels, and represents 10% of French shellfish harvest. In the microbiological monitoring network of French shellfish harvest areas, managed by Ifremer, a total of 2 374 shellfish samples were collected on Thau lagoon and analysed (Escherichia coli) on 9 sampling stations between 1997 and 2006. Despite a population increasing rate of 15.6% between 1999 and 2006 on the Thau lagoon watershed, the shellfish faecal contamination level is stable between 1997 and 2006, and corresponds to B sanitary standard, authorizing marketing for human consumption after purification. Though the microbiological quality of the lagoon’s shellfish can episodically be altered by dry weather, rainfall causes a statisticically significant increase of E.coli levels in shellfish. In dry weather conditions, 16.8% of the results exceeded the health standard of 230 E. coli/100 g of F.I.L, compared to 50 % after more than 40 mm 48 hours cumulated rainfall. In dry weather or after a small rainfall (< 10 mm), we got no significantly different results. High rainfalls strongly drive Thau lagoon watershed inputs, essentially from human origin. In order to achieve water quality standards, sources provoking faecal pollutions after rainfall and by dry weather must be identified. This identification is one of the OMEGA Thau (Environmental Management Tool and Alert Management) project goals.