Le Département STH a été constitué pour établir des diagnostics et des avis, et proposer des solutions d'aménagements des pêcheries, en réponse à la demande sociétale émanant des Institutions, de la profession et du public pour une exploitation durable des ressources halieutiques (économiquement efficace, socialement équitable et écologiquement soutenable). Dans ce but, le département mène une activité de recherche et de développement thématique à caractère national. Il prend aussi en charge la surveillance des ressources et des pêcheries de Bretagne. Les activités du département s'inscrivent dans trois axes de recherche structurants :
♦ Développement d'indicateurs sur les pêcheries assortis d'intervalles de confiance
♦ Développement des outils et méthodes d'aménagement des pêcheries.
♦ Développement des outils et méthodes d'observation et de caractérisation des ressources halieutiques (aux échelles des individus et des populations).