Le milieu marin est un milieu difficile à appréhender car composé d'un ensemble d'organismes et d'écosystèmes caractérisés par des conditions de fonctionnement tout à fait originales et souvent difficiles d'accès. Ces spécificités peuvent être attribuées à la structure spatiale du milieu marin, qui à bien des égards, diffère du milieu terrestre. En effet si les notions de barrières géographiques sont une réalité concrète pour les organismes terrestres, elles restent rarement identifiées en milieu marin (PALUMBI 1994). Dans un tel environnement, les organismes présentent des cycles de vie souvent mal connus, notamment ceux qui associent phase benthique et phase planctonique. L'étude de la structure génétique des populations, dans un espace aussi ouvert aux échanges et aux flux migratoires permet de mieux comprendre l' histoire biologique d'une espèce. Il apparaît en effet qu'une description de la variabilité génétique des populations naturelles et de son organisation permet d'approfondir considérablement la connaissance de mécanismes directement liés à l'organisation et l'évolution des espèces (migration, mutation, sélection, dérive). D'autant qu'il est désormais possible de s'appuyer sur des marqueurs moléculaires neutres et hautement polymorphes comme les microsatellites. D'une manière plus globale, la caractérisation de cette variabilité intervient au sein même des problématiques de gestion des ressources génétiques concernant notamment les populations soumises à une exploitation économique.