Une étude hydrobiologique de quatre secteurs ostréicoles a été menée de mars à octobre 1987. Les eaux de la baie de Bourgneuf sont favorables à l'ostréiculture en raison de leurs teneurs en chlorophylle, sels nutritifs et seston. Les caractéristiques hydrobiologiques sont cependant différentes entre les secteur nord et sud, ces derniers présentant des conditions de milieu d'élevage plus stables. Le gradient de richesse phytoplanctonique de la zone intertidale proche du continent est orientée selon la veine principale du courant résiduel des masses d'eau, avec une décroissance marquée du nord au sud. Le secteur le plus nord (S3) est en période estivale une zone à forte probabilité de développement de dinoflagellés durant les marées de vives eaux. La zone du sud-ouest, sous l'influence de la veine de courant résiduel secondaire, et indépendante, demeure une zone très favorable à l'élevage. En baie de Bourgneuf le rapport chlorophylle sur seston minéral apparait un descripteur approprié pour mettre en évidence les interactions entre le milieu et la croissance des huîtres.