Les différentes études menées durant l'année 1988 ont permis d'estimer les stocks d'huîtres en élevage à 46 000 tonnes ± 11 % et de moules de bouchots à 940 tonnes ± 25 %. Les stocks sur les gisements sauvages de moules situés sur un axe médian Est-Ouest à l'intérieur de la baie, sont estimés en 1988 à 6 700 tonnes ± 49 %. Ils n'ont pas perturbé la croissance des huîtres élevées en aval comme en 1986. Ces croissances demeurent toutefois faibles par rapport à une zone localisée à l'extérieur de la baie. Suite à la décision d'instaurer des mesures de régulation du cheptel, une tendance à la régression du nombre de collecteurs au mètre linéaire est notée en baie de Bourgneuf. Il reste cependant à réduire durablement les stocks d'huîtres creuses et de moules de gisements naturels pour espérer obtenir dans cet écosystème une croissance satisfaisante des élevages de mollusques.