Les travaux présentés dans le présent rapport finalisent l’étude engagée dans le cadre de l’Axe 1 : « Amélioration des connaissances et compréhension des processus concernant le fonctionnement et le devenir du littoral méditerranéen » de la Convention Cadre entre l’Ifremer et l’Agence de l’Eau Rhône Méditerranée et Corse portant sur le « Développement de modèle hydrodynamiques et hydrosédimentaires sur les masses d’eau de transition ». Au terme de cette étude, nous disposons d’une méthode de jaugeage des débits en canal, opérationnelle dans la majorité des configurations de profils verticaux de courant rencontrées. Le chenal portuaire de Port-La-Nouvelle, unique voie de communication entre la lagune de Bages-Sigean et la Méditerranée, a été retenu comme site pilote pour la mise au point de la méthode. La définition d’un protocole de déploiement des appareils de mesures, la mise à jour des besoins en terme de stratégie d’échantillonnage et la chaine de traitement automatisée des données acquises sont aujourd’hui disponibles et font que cette méthode est applicable sur d’autres sites lagunaires. Cette étude à également mis à jour les ordres de grandeur des volumes journaliers entrants (23 m3s-1 en moyenne) et sortants (29 m3s-1 en moyenne) de la lagune de Bages-Sigean sous différents régimes hydro-climatiques. En particulier, une première estimation des temps de renouvellement à montrer que l’événement pluvieux exceptionnel du début d’année 2006 serait susceptible de renouveler la totalité des eaux de la lagune (73 Mm3 exportés en quinze jours pour un volume lagunaire de 60 Mm3). L’acquisition de connaissances et de données sur le fonctionnement des échanges hydriques entre une lagune et la mer, ainsi que le développement de méthodes robustes et applicables en routine d’acquisition de données de débits dans les graus des lagunes présentent, dans les contextes européen (Directive Cadre sur l’Eau) et régional (Réseau de Suivi Lagunaire), un intérêt indéniable. Ainsi, l’Agence de l’Eau, la Région Languedoc-Roussillon et l’Ifremer ont lancé une nouvelle étude visant à construire puis évaluer, sur les lagunes méditerranéennes identifiées par la DCE comme masses d’eau de transition, des indicateurs hydro-morphologiques ou plus précisément selon la terminologie DCE, « des facteurs physiques ayant un impact potentiel sur la structure et la composition des peuplements biologiques ». Les connaissances et données maintenant disponibles sur la lagune de Bages-Sigean viendront largement alimenter cette étude.