L’acquisition des images peut se réaliser de façon « manuelle » (loupe binoculaire, microscope) ou de façon « automatique » à savoir à l’aide d’une platine motorisée ou d’un scanner selon le type de pièces calcifiées traitées. L’utilisation d’acquisition d’images par scanner montre un avantage de temps et de standardisation sur la méthode d’acquisition « manuelle » pour la prise d’images et la numérisation de pièces calcifiées entières fortement contrastées (analyse de forme sur otolithes entiers par exemple). Lors de l’utilisation d’un scanner, les paramètres de réglages d’acquisition et de traitement doivent être testés avant d’être appliqués de façon identique à l’ensemble des pièces calcifiées étudiées. De plus, ce mode d’acquisition assure un gain de temps considérable, de l’ordre de 40% par rapport au même travail réalisé manuellement sous une loupe binoculaire. Les images réalisées avec un scanner ont des tailles inférieures à celles réalisées manuellement sous une loupe binoculaire pour un même format et une qualité identique. Ainsi, cette méthode permet un gain du stockage numérique.