Une partie importante des marais salants du Mes produit du sel à Saint-Molf et Assérac. Les marais bordant les traicts de Pen Bé et Mesquer ont été transformés en claires pour l'affinage des huîtres. Des paludiers ont recherché un complément à leur activité salicole dans l'élevage de la palourde. Par ailleurs, plusieurs entreprises ont créé un élevage de palourdes dans les marais, et sur l'estran. Les marais sont des milieux fragiles très sensibles aux diverses pollutions, notamment bactériennes, qui ont été mises en évidence par la DDASS, et par différentes études. Elles sont essentiellement d'origines urbaine et domestique, et proviennent des rejets ponctuels et permanents d'eaux usées dans les réseaux pluviaux, les fossés et les ruisseaux, qui rejoignent les étiers plus ou moins rapidement en fonction de la pluviométrie. Les eaux marines remontent librement dans les étiers, qui se vident presque totalement à chaque marée basse, en toute saison. Les mortes-eaux favorisent la décantation des matières en suspension contaminées et leur stockage dans les sédiments vaseux, tandis que les vives-eaux induisent leur remise en suspension et contribuent à la contamination des coquillages. Malgré une forte hétérogénéité des sous-bassins versants, les niveaux moyens de contamination des palourdes dans les étiers sont relativement voisins du fait du rôle d'homogénéisation du courant de marée. Il semble y avoir un léger gradient de pollution décroissant d'amont en aval. L'été et l'automne sont généralement les saisons les plus polluées. La pluviométrie et les marées de vives-eaux ont un impact significativement négatif sur les niveaux de pollution qui dépendent de la régularité et de l'importance des apports.