L'objectif de ce travail est de définir le comportement de deux types de peuplements bactériens dans un écosystème lagunaire (Etang de Thau, France) : le peuplement bactérien d'origine continentale (peuplement allochtone) et le peuplement bactérien lagunaire (peuplement autochtone). Une étude préliminaire a permis de définir dans quelle mesure l'utilisation de deux milieux de culture différents (Gélose Nutritive de salinité 8, bioMérieux; milieu Marine Agar de salinité 34, Difco) permettait de distinguer ces deux peuplements. Ensuite, l'échantil1onnage à différentes échelles d'observation des abondances de ces deux variables bactériologiques a permis de décrire leurs évolutions spatiales et temporelles. Les résultats obtenus nous permettent (i) de définir un plan d'échantillonnage optimisé pour ces variables bactériennes et (ii) de tester certaines hypothèses quant aux relations existant entre les bactéries autochtones ou allochtones et certaines variables environnementales. Enfin, dans le but d'examiner la composition et la structure de ces deux peuplements, une méthode méthode biochimique la plus couramment utilisée pour décrire les bactéries des milieux marins aquatiques : la méthode API-20B (API-SYSTEM). D'une part cette méthode simple, rapide et plus économique permet d'estimer les indices de structure des peuplements même si la concordance avec la méthode biochimique, estimée par le coefficient de Kappa, n'est pas absolue. D'autre part, cette méthode est d'un intérêt particulier pour l'étude du comportement spatio-temporel de certaines populations bactériennes "typiques" à l'échelle de l'écosystème.

The purpose of this study is to investigate the behavior of two bacterial communities in the Thau brackish lagoon (Mediterranean coast of France) : the bacterial community from continental origin (allochtonous community) and the bacterial community endemic to the lagoon (autochtonous community). In a first step, the ability of two standard agar media (bioMerieux, nutrient agar at low salinity, 8; Difco, marine agar at high salinity, 34) to distinguish the two communities is tested. Then, abundances sampling of these two bacterial variables for several scales of observation permit to describe their spatial and temporal evolutions. The different encountered behaviors allow us (i) to improve the definition of an optimal sampling design for such bacterial variables and (ii) to examine several hypotheses about the relationships between autochtonous and allochtonous bacteria and environmental variables. Finally, in order to look for the composition and the structure of these two communities, a morpho-macroscopic method is proposed and compared with the biochemical method commonly used API-20B (API-SYSTEM). On one hand this method appears to be a simple, fast and very economic way to estimate structure indices, even if the concordance with the biochemical method is not absolute (Kappa coefficient). On the other hand it seems more usefull to study the spatio-temporal behavior of some "typical" bacterial populations at the ecosystem scale.