En complément de l'analyse bibliographique (vol. 1), une étude de la contamination bactériologique et une approche de la qualité physico-chimique des eaux de la lagune ont été menées. Réalisées aux mois de mai et juin 1996, ces études ont pour objectif d'aborder de façon prospective, la totalité de l'étang. Des secteurs contaminés bactériologiquement ont pu être mis en évidence dans la partie sud de la lagune, sans que les sources soient clairement localisées. De même, pour la partie nord, les taches de contamination mises en évidence lors de précédentes études sont confirmées dans la zone des parcs conchylicoles. Les analyses de sels nutritifs montrent l'importance des résurgences karstiques dans les apports de nutriments, sans que le facteur limitant de la production soit déterminé. Les eaux de la lagune constituent bien une zone de mélange entre le domaine terrestre et marin pour bon nombre d'éléments. Une meilleure connaissance de l'hydrodynamisme de ce secteur devrait permettre de facilité la compréhension de cet écosystème.