Ces travaux de thèse se sont intéressés principalement à la diversité génétique et à la taille efficace (Ne) de stocks de poissons sauvages amphihalins migrateurs en danger, le Saumon atlantique (Salmo salar). Pour cela, quatre populations ont été choisies en Europe du Nord (Ecosse) et en Europe du Sud (France) pour leurs différences de structure et de mode de gestion. Ces travaux ont abouti au développement de deux nouveaux modèles. DemoDivMS prédit la diversité génétique d’une population dont le scénario évolutif, donné par l’utilisateur, décrit des variations de Ne au cours des générations antérieures. VarEff cherche à estimer les tailles efficaces, au moment de l’échantillonnage et passées, en s’appuyant sur des calculs analytiques directs raccourcissant les temps de calculs.

This thesis was concerned mainly with the genetic diversity and the effective size (Ne) of wild fish stocks of diadromous migratory endangered Atlantic salmon (Salmo salar). For this, four populations were chosen in the northern (Scotland) and southern (France) part of Europe for their differences in their structure and management. This work led to the development of two new models. DemoDivMS predicted genetic diversity of a population whose evolutionary scenario, given by the user, describes variations of Ne during the previous generations. VarEff tries to estimate the effective sizes, sampling time and pasts, based on direct analytical calculations to shorten the time of calculations.