La culture de moules sur bouchots est apparue en baie de Vilaine vers la fin du 19ème siècle. Aujourd'hui la mytiliculture compte 65 entreprises, génère 130 emplois et produit annuellement 2000 à 2600 tonnes de moules. Le site de Vilaine se place au 5ème rang des centres mytilicoles français. L'industrie agro-alimentaire, l'agriculture et l'urbanisation représentent l'essentiel des apports polluants du bassin versant de la Vilaine. Le suivi réalisé en 1988 a permis d'évaluer les niveaux de contamination bactériologique des eaux conchylicores de la baie de Vilaine, en prenant comme intégrateur de cette contamination bactérienne, la moule Mytilus edulis.