La forte augmentation des mortalités de juvéniles d’huître creuse depuis 2008 a relancé la problématique de l’approvisionnement en naissains de l’ostréiculture française. Dans ce contexte, cette étude a pour objectif d’étudier la faisabilité d’opérations de repeuplement en huîtres génétiquement plus résistantes, afin d’améliorer les performances de survie du naissain capté dans le milieu naturel. Cette étude s’est ainsi focalisée sur les deux bassins naisseurs historiques, Marennes-Oléron et Arcachon. Nous avons donc cherché à établir (1) une hiérarchie des bancs en fonction de l’expulsion de larves d’huître dans le bassin d’Arcachon, (2) une cartographie des liens en termes de connectivité entre les bancs des pertuis charentais et (3) la faisabilité du suivi par marqueurs génétiques de la reproduction dans le milieu naturel de lignées d’huîtres résistantes préalablement sélectionnées. Pour le bassin d’Arcachon, le suivi de bouées dérivantes permet d’établir que les bancs les plus externes sont soumis à une forte expulsion des larves en opposition aux bancs les plus à l’est. Mais la faible fécondité des populations suivies à l’est du bassin rend l’effet d’un repeuplement dans cette zone incertain. Une étude complémentaire intégrant les stocks, la fécondité et l’expulsion des larves de manière spatialisée est proposée. Pour les pertuis charentais, l’utilisation du modèle hydrodynamique MARS-3D montre que les bancs situés à l’embouchure de la Charente présentent les plus fortes connectivités avec les bancs situés plus au nord. L’intégration des stocks dans les analyses indique la nécessité de repeupler avec un tonnage conséquent pour que ce nouveau banc de géniteurs fournisse une proportion importante du captage, et par conséquent qu’il améliore significativement les taux de survie du naissain capté. Les analyses génétiques montrent sans ambiguïté la faisabilité du suivi par marqueurs microsatellites de lignées sélectionnées parmi des populations d’huîtres sauvages. Même si les scores d’assignation peuvent encore être améliorés, ce résultat permet d’envisager le suivi des descendants du repeuplement aujourd’hui prévu dans le cadre du projet ‘SCORE’.