L'objet de l'étude est de décrire les liens principaux entre l'hydrologie de la Charente et les constats qualitatifs dans le bassin de Marennes, ainsi que l'estimation des flux continentaux, sur la base des données des stations de Fontenelles et de Boyard entre 1977 et 2006. Du fait de l'influence de la marée, il n'est pas possible de mesurer les débits de la Charente dans sa partie aval. Ils ont donc été reconstitués à partir des stations de Saint-Savinien, du pont de Beillant, de Carillon, du Moulin de Chatre, de la Lijardière, de Jarnac, de Vindelle et de Foulpougne, en fonction de la disponibilité et de la fiabilité des données. Les mesures à Fontenelles et Boyard ont été réalisées de façon à disposer d'une gamme variée de situations par rapport au coefficient de marée et à la position dans le cycle de marée. L'étude montre une forte sensibilité des paramètres mesurés à la position de la mesure dans le cycle de marée, reflet de la dilution des eaux fluviales dans les eaux marines. L'étude a permis d'établir une relation entre la salinité à Fontenelles, le débit de la Charente et la position dans le cycle de marée. Cette relation permet d'estimer la salinité moyenne à Fontenelles sur un cycle de marée en fonction du débit de la Charente. Les résultats font apparaître une salinité moyenne de 33 g/l pour un débit de 12 m3 /s, soit le DOE de la Charente. La salinité moyenne serait de 34 g/l pour un débit de 8 m3 /s. La chronique de mesures sur les nitrates fait apparaître une nette tendance à la hausse depuis 1977. La concentration moyenne aurait augmenté de 6.4 mg/l entre 1977 et 2006, soit une augmentation de 52% sur la période. Au contraire, on observe une nette tendance à la baisse sur les phosphates, soit une réduction d 'environ 46% sur la période. Il n'a pas été possible d'obtenir une relation fine entre le débit de la Charente et la concentration en nitrates à Fontenelles, en raison de la diversité des facteurs qui jouent sur ce paramètre. Les mesures de nitrates, désinfluencées de la position dans le cycle de marée, ont été replacées dans les chroniques annuelles de débit de la Charente afin de mettre en évidence des effets saisonniers. Le calcul de la droite théorique de dilution a également permis d'estimer les flux entrant à l'estuaire. Les principaux éléments nutritifs conditionnant le développement des algues et du phytoplancton sont le nitrate, le phosphore et la silice. L'étude ne permet pas de mettre en évidence que l'un de ces 3 éléments puisse représenter un facteur limitant de la production primaire à Fontenelles. L'interprétation est cependant délicate car la chlorophylle entre dans un cycle biologique complexe.