Depuis plusieurs années, on observe dans l'estuaire de la Loire, une forte mortalité de mulets au cours de leur avalaison en septembre. Ce problème est directement lié à la présence d'une zone anoxique. Comme dans d'autres estuaires européens, les minima d'oxygène dissous correspondent à la zone de turbidité maximale. En Loire, en période d'étiage fort, cette zone peut remonter jusqu'à la commune de Nantes. Pour pallier à cette problématique, l'IFREMER, à la demande du Port Autonome de Nantes Saint Nazaire, a développé plusieurs outils numériques. Un modéle d'oxygène dissous a été mis en oeuvre afin de reproduire l'évolution des teneurs en oxygène dissous le long de l'estuaire. Les premiers résultats ont souligné l'importance, dans la demande en oxygène dissous, du processus d'oxydation de la matière organique piégée dans le bouchon vaseux. Ce dernier point nous a conduit à développer un modéle mathématique reproduisant les principales étapes du cycle de dégradation de la matiére organique dans la zone de turbidité maximale ; c'est l'objet de ces trois années de recherche.