La gestion de l'eau constitue l'une des préoccupations majeures actuelles, aussi bien dans son utilisation quantitative que dans sa qualité sanitaire et environnementale. Si la protection des ressources en eau destinée à la production d'eau potable reste la principale priorité, l'utilisation de l'eau douce pour les activités humaines (urbaines, industrielles et surtout agricoles) et les rejets des eaux usées dans le milieu conditionnent en grande partie la qualité de l'environnement. Dans le cadre du SDAGE Loire-Bretagne, issu de la loi sur l'eau du 3 janvier 1992, trois SAGE ont été programmés autour du pertuis Breton et concernent les bassins versants du Lay, de la Vendée (affluent de la Sèvre Niortaise) et de la Sèvre Niortaise. Ces trois SAGE sont coordonnés par une Commission de Coordination du Marais Poitevin qui a chargé l'Agence de l'Eau Loire-Bretagne de procéder au lancement d'études. celles-ci doivent permettre de définir des objectifs de qualité et de quantité des eaux superficielles sur l'ensemble des bassins versants concernés, ainsi qu'au niveau des exutoires en mer des principaux cours d'eau, afin que les usages liés à l'eau soient préservés.