L'apparition épisodique d'épidémies de gastro-entérites, souvent estivales, après consommation de coquillages, a conduit au début des années 80 à mener des études pour comprendre l'origine de ces phénomènes. Secteur sensible, la baie de Vilaine fut le lieu d'importants programmes de recherches et de suivi de la qualité du milieu qui mirent en évidence l'origine phytoplanctonique des troubles constatés, et le rôle particulier tenu par un dinoflagellé du genre Dinophysis. Le présent rapport rappelle l'acquis de ces études sur ce secteur, ainsi que la mise en place sur le littoral de Loire-Atlantique et de Vendée, en 1984, du réseau national REPHY (réseau de surveillance phytoplanctonique) en commentant, par année et par secteur, les principaux résultats obtenus au cours de ces dix années, ainsi que les fermetures de zones provoquées par les alertes. La discussion engage la réflexion pour une optimisation du REPHY, afin de mieux gérer les épisodes de risques sanitaires tout en obtenant des séries temporelles fiables permettant un suivi environnemental de ces phénomènes. Les données acquises montrent la permanence des cycles saisonniers des diatomées et des dinoflagellés, alternant les pics printaniers et estivaux. De tous les secteurs suivis, la baie de Bourgneuf se distingue par la faible abondance relative des dinoflagellés, ainsi que par l'absence d'alerte de risque toxique durant toute la période étudiée.